パッケージ開発者が公開データを置く場所は inst/extdata だが、vignette 執筆中に system.file() しても自パッケージのデータを読めない？となったので見落としていた確認ポイントをメモしておく。

結論

下記 2 点をやり忘れていないか確認するとよい:

package = MY_PACKAGE_NAME を引数に与える
devtools::load_all() する

解説

`package = MY_PACKAGE_NAME` を引数に与える

system.file() の package = 引数のデフォルト値は "base" なので、自パッケージ名を与えないと base パッケージの inst/extdata からファイルを検索してしまうため。

`devtools::load_all()` する

前提
「インストール」「インポート」「ロード」の違いを理解しておくこと

ロード: パッケージがエクスポートしているオブジェクト（関数やデータ）をロードパスに載せる操作。パッケージ開発者は devtools::load_all() を使うことで、自パッケージをインストールすることなしにロードできる
インストール: 一般ユーザーが install.packages("PACKAGE_NAME") するのと同じように、開発中のパッケージをインストールパスに置く操作。devtools::install() などで実行できる
インポート: インストール済みのパッケージを利用可能にすること。library(PACKAGE_NAME) で実行できる。パッケージがエクスポートしているオブジェクトをロードパスに載せる操作なので、パッケージをユーザーとしてロードするための方法とも言いかえられる

R パッケージの vignette では、自パッケージを library("MY_PACKAGE_NAME") してインポートできる。
これはユーザーに提供する関数を説明するために便利だが、この library() 時に読み込まれるパッケージは、最後に自パッケージをインストールした時の状態なので、下記のような状態では system.file() してもファイルは見つからない:

devtools::install()
inst/extdata/ にファイルを置く
library(MY_PAKAGE) する
sysrem.file("extdata", "THE_FILE", package = "MY_PACKAGE") する
library() でインポート（ロード）されたパッケージは 1. でインストールしたときの状態なので、2. で置いたファイルはまだロードパスに載っておらず見つからない

パッケージ開発時にはdevtools::load_all() をこまめにする習慣をつけるとよい。シンタックスエラーを早期発見できるメリットもある。
というか、devtools::install() は CRAN 提出前の最終確認に使う程度で、ふだんは全く使わなくてよさそう。