パッケージ開発者が公開データを置く場所は inst/extdata だが、vignette 執筆中に system.file() しても自パッケージのデータを読めない？となったので見落としていた確認ポイントをメモしておく。
結論
下記 2 点をやり忘れていないか確認するとよい:
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package = MY_PACKAGE_NAMEを引数に与える -
devtools::load_all()する
解説
package = MY_PACKAGE_NAME を引数に与える
system.file() の package = 引数のデフォルト値は "base" なので、自パッケージ名を与えないと base パッケージの inst/extdata からファイルを検索してしまうため。
devtools::load_all() する
前提
「インストール」「インポート」「ロード」の違いを理解しておくこと
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ロード: パッケージがエクスポートしているオブジェクト（関数やデータ）をロードパスに載せる操作。パッケージ開発者は
devtools::load_all()を使うことで、自パッケージをインストールすることなしにロードできる -
インストール: 一般ユーザーが
install.packages("PACKAGE_NAME")するのと同じように、開発中のパッケージをインストールパスに置く操作。devtools::install()などで実行できる -
インポート: インストール済みのパッケージを利用可能にすること。
library(PACKAGE_NAME)で実行できる。パッケージがエクスポートしているオブジェクトをロードパスに載せる操作なので、パッケージをユーザーとしてロードするための方法とも言いかえられる
R パッケージの vignette では、自パッケージを library("MY_PACKAGE_NAME") してインポートできる。
これはユーザーに提供する関数を説明するために便利だが、この library() 時に読み込まれるパッケージは、最後に自パッケージをインストールした時の状態なので、下記のような状態では system.file() してもファイルは見つからない:
devtools::install()-
inst/extdata/にファイルを置く -
library(MY_PAKAGE)する -
sysrem.file("extdata", "THE_FILE", package = "MY_PACKAGE")する -
library()でインポート（ロード）されたパッケージは1.でインストールしたときの状態なので、2.で置いたファイルはまだロードパスに載っておらず見つからない
パッケージ開発時にはdevtools::load_all() をこまめにする習慣をつけるとよい。シンタックスエラーを早期発見できるメリットもある。
というか、devtools::install() は CRAN 提出前の最終確認に使う程度で、ふだんは全く使わなくてよさそう。