某ドキュメントのほぼまんまなんだけど，Rcppでコードを生成する場合，大まかに四つの方法に分けられるかと

ソースに書いてコンパイルし，Rでロードする

C/C++のまんまの関数コードだけのファイル

fibonacci00.cpp


int fibonacci(const int x){
  if(x==0)return(0);
  if(x==1)return(1);
  return fibonacci(x-1)+fibonacci(x-2);
}

これをRcpp/Rで利用するためラッパー関数コードだけのファイル

fibonacci0.cpp

#include <Rcpp.h>
extern int fibonacci(const int x);

extern "C" SEXP fibWrapper ( SEXP xs ) {
  int x = Rcpp::as<int>(xs);
  int fib = fibonacci (x);
  return Rcpp::wrap(fib);
}

んでもって二つをR CMD でコンパイル

$ R CMD SHLIB fibonacci0.cpp fibonacci00.cpp 
g++ -shared -L/usr/local/lib -o fibonacci0.so fibonacci0.o fibonacci00.o -L/R/libs/Rcpp/lib -lRcpp -Wl,-rpath,/R/libs/Rcpp/lib -L/usr/local/lib/R/lib -lR

Rでロードして利用

> dyn.load ("fibonacci0.so")
> .Call ("fibWrapper", 10)
[1] 55
> dyn.unload ("fibonacci0.so")

inlineパッケージを使ってコードもRのスクリプトに書き込む

R.R

> library (inline)
> library (Rcpp)
> incltxt <- '
+ int fibonacci(const int x){
+   if(x==0)return(0);
+   if(x==1)return(1);
+   return fibonacci(x-1)+fibonacci(x-2);
+ }'

> fibRcpp <- cxxfunction(signature(xs = 'int'),
+                        plugin = 'Rcpp',
+                        incl = incltxt,
+                        body = '
+                        int x = Rcpp::as<int>(xs);
+                        return Rcpp::wrap(fibonacci(x));
+                        ')
> fibRcpp(10)
[1] 55

attriburesを使う．ラッパーを定義する必要なし

fibonacci.cpp

#include<Rcpp.h>
using namespace Rcpp;

// [[Rcpp::export]]
int fibonacci(const int x){
  if(x < 2)
    return x;
  else
    return(fibonacci(x - 1))+fibonacci(x-2);
}

sourceCpp()でコンパイルする．ラッパーを定義する必要なし

> sourceCpp ("fibonacci.cpp")
> fibonacci(10)
[1] 55

まだある

cppFuncitonを使う．これまたRのスクリプトにコードを書く

> txt <- '
+ int fibonacci (const int x) {
+ if ( x < 2) return ( x ) ;
+ return ( fibonacci ( x - 1) ) + fibonacci ( x - 2) ;
+ }'
> fib <- cppFunction(txt)
> fib (10)
[1] 55

Rcppは進化が激しいので，追って整理するのが大変．．．