git でソースツリーなるものを発見したんですが　認証は済んでるようなんですが

認証についてはどういう操作を行った結果そうなったのかがわからないので一旦流します。

インデックスにステージングした
index.htmlがあるんですが、
ここからどうすればいいんですか？

インデックスにステージングした、という言葉の意味がよくわかりませんが、
ステージングできたのであればあとはコミットするだけです。
(基本ステージングとコミットはセットで考えていいです。)
コミットするタイミングについては、ファイルを修正したキリの良いタイミングでいいです。