NGS解析の流れ

PictBio HP「解析メモ」から移行中です。
元記事：2018/10/03 公開 NGS解析の仕組みとは

　NGSの解析は大きく分けて二段階あります。それは「ウェット」と呼ばれる試薬などを使った実験室での作業と「ドライ」と呼ばれるコンピューターの計算を使った作業です。前者はNGSを使用してDNA溶液から配列決定を行い、一次解析とよく言われます。後者はデータとなった大量の配列を処理し、二次解析とよく言われます。

一次解析

　基本的にNGSは配列の決定のみを行います。DNAの断片が入った溶液からランダムに大量に配列を読み、データファイルが得られます。

二次解析

　一次解析で得られるのは配列データのみである為、考察できるように計算を行います。非常に大量の配列が得られるため、コンピュータの計算にて実行します。

　図のように、INPUTのサンプルと二次解析を変更することにより、手法の多様性があります。

NGSを使用した研究例

"MED12, the Mediator Complex Subunit 12 Gene, Is Mutated at High Frequency in Uterine Leiomyomas”　Netta Mäkinen et al.

　正常とターゲットを比較することで、ターゲットに特異的な変異をリストアップしています。さらに、各人の特異的な変異を除くため、17人の患者で同様にリストアップを行い、17のリストから共通した変異を探しています。