Eclipseのワークスペースは、複数プロジェクトに共通のJDKや
コーディング静的解析ツール(CheckStyleやFindBugs)、
パースペクティブなどを管理、設定できます。
例えば、下記のように目的別にワークスペースを分けて設定することで、
ソースコードを効率的に管理することが可能です。

最新trunkではJDK1.8でビルドし、保守用ブランチではJDK1.7でビルドする
仕事用とプライベートで設定を分ける
....etc

ワークスペースの切り替えは、
Eclipse起動後のメニュー「ワークスペースの切り替え」から行えますが、
Eclipse起動時のオプション指定でも行えます。
目的別にワークスペースを整理できているのであれば、
Eclipseのメニュー操作の手間なくワークスペースを切り替えられる
Eclipse起動時のオプション指定をお勧めします。

動作環境

Windows
Eclipse 4.4.2 (Luna SR2)

ワークスペース指定方法

eclipse.exe -data ${workspace.dir}

ワークスペースがC://opt/src/trunkの場合は次のように指定します。

eclipse.exe -data C://opt/src/trunk

まとめ

Eclipseのワークスペースは、プロジェクト共通設定を別々に管理できます。
ワークスペースの切り替えは、Eclipse起動時のオプション指定がお勧めです。
ワークスペースは「-data」オプションで指定します。