この記事の内容は通常のPC、通常のUbuntu、異なるバージョンのUbuntuでも同様であると思われます。ただし、リポジトリは各自で最適なものを選択してください。
ただし、最新バージョンのUbuntu(2017/2/5現在17.04)では必要ありません。
debianおよびraspbianでの方法は以下のリンクに記載があります。(他の方の記事です)
http://qiita.com/skyfish20ch/items/233efcf80bcec746a7da

結論から言うと

コントロールセンター⇒ソフトウェアとアップデート⇒他のソフトウェアタブを開く⇒追加
⇒ボックス内に
deb http://ports.ubuntu.com/ zesty universe
を入力
（Ubuntuの場合は
deb http://archive.ubuntu.com/ubuntu zesty universe
）
⇒ソースを追加⇒再読み込み
⇒ターミナル上で
sudo apt-get install puredata=0.47.1-3
を実行
⇒コントロールセンター⇒ソフトウェアとアップデート⇒他のソフトウェアタブを開く
⇒先ほど追加した文の左のチェックを外す⇒再読み込み

の流れで元のシステムを変えずに最新のPure Data vanillaをインストールできます。

以下詳細

Raspberry Pi 3 Model B
Ubuntu MATE16.04LTS
の環境で行いました。

Pd-extendedはかなり前から開発が止まっているようで、現在はPd vanillaをインストールしDekenというライブラリ管理ソフトを用いるのが最善だと思われるのですがDekenはバージョン0.47.0以降のPd vanillaにおいてのみデフォルトで組み込まれているらしいのでそれ以降のバージョンのPd vanillaをインストールしようと思いました。(それ以前のバージョンでも別途にインストールすることも可能らしいです)

しかし、Ubuntu16.04LTS(xenial)で標準で参照されるレポジトリには少し古いバージョン0.46-3が登録されているため
sudo apt-get install puredata
ではバージョン0.46.7-3がインストールされてしまいます。(それでいい場合はこの後の内容は必要ありません)

apt-cache policy puredata

でインストールできるバージョンを確認できます。

この状態からバージョン0.47.1-3をインストールするためには
・ソースコードをダウンロードし自分でビルド
・別のリポジトリを追加
の2通りの方法が存在します

前者の方法のやり方はこのリンク先を参照するといいかと思います。(外部サイトです)
http://www.footfoot.tokyo/article29/ubuntu-puredata-build

後者については以下で説明します。

まずPd vanillaの最新バージョンが含まれるリポジトリを検索します。
公式のパッケージ検索ページをリンクします。
http://packages.ubuntu.com/search?keywords=puredata&searchon=names&suite=all&section=all

検索結果よりUbuntu17.04(zesty)用のリポジトリのコンポーネントuniverseにパッケージがあるようなのでそれをaptのリポジトリに登録します。(公式のリポジトリ以外にもPdのコミュニティのリポジトリでもできると思います)

追加の方法は今回調べたもので主に以下の2通りです。
・コントロールセンター⇒ソフトウェアとアップデート⇒他のソフトウェアタブでリポジトリを追加
・/etc/apt/sources.listにリポジトリを追加

この例で追加するリポジトリは
deb http://ports.ubuntu.com/ zesty universe
です。

リポジトリを追加したため
sudo apt-get update
などで更新をします。

これでPd vanillaの0.47.1-3をapt-getでインストール可能になりました。

sudo apt-get install puredata=0.47.1-3
でインストールを行います。
（--install-suggestsをつけた方がいいかも？）

その後はそのままではUbuntu17.04(zesty)向けの他のパッケージをインストールしてしまう可能性があるためリポジトリの無効化を行います。

先ほどと同様以下の2通りです。
・コントロールセンター⇒ソフトウェアとアップデート⇒他のソフトウェアタブで裂きほど追加したリポジトリのチェックを外す
・/etc/apt/sources.list内の追加したリポジトリを#でコメントアウト

リポジトリに変更があるためもう一度
sudo apt-get update
などで更新をします。

以上で既存の環境を変えずにPd vanillaのバージョン0.47.1-3のインストールは終了です。

記載されている情報は2017/2/5現在自分が調べた情報を元に書かれています。参考にする場合はバージョンの違いなどに注意してください。