覚え書き。
特に裁ち落としの処理に困ったので。

###Publisher

エクスポート > 外部印刷用に保存
でPDFファイルを出力

生成した.zipを解凍する

###GIMP

PDFファイルをGIMP画面に投げ込む（あるいはファイル > インポートでPDFファイルを選択）
モノクロとカラーで分けて作業する
モノクロのページのみ選択して600dpiか1200dpiでインポート
カラーのページのみ選択して300dpiか350dpiでインポート

画像 > キャンバスサイズの変更で画像を印刷向けサイズにリサイズする
サイズを入力し中央を押せば一発

ファイル > エクスポートで.psdにして1ページずつエクスポートして完成

ページ数が増えてくるととてもめんどくさい作業だけどとりあえずこれで問題なく通るので、参考までに。