タイトルの通りで依存が外れます。
realm-java の Plugin を使っていると自動で kotlin-extensions の依存が追加されるので意識することはないのですが、その処理が Built in Kotlin を有効にすると動かなくなるため、ビルド時に import ができずエラーになってようやく依存が外れたことに気づきます。
解決策
手動で kotlin-extensions の依存を追加することで回避可能です。
libs.versions.toml
realm-kotlin-extension = { module = "io.realm:realm-android-kotlin-extensions", version.ref = "realm" }
原因
Built in Kotlin の有効時に kotlin-android の Plugin を外すことで Realm 側で Kotlin のプロジェクトかどうかの判定処理が動かなくなるからです。