Raspberry Pi + Obsidian + Syncthing + Gemini AI で完全自己ホスト型「第二の脳」を構築する

概要

Obsidian を中心に、Raspberry Pi 上の SSD をストレージとして使い、Mac・iPhone 間でノートを同期しながら、AI（Gemini API）がメモの関連リンクを自動付与してくれる PKM（Personal Knowledge Management）環境を構築しました。

クラウドサービスへの依存を最小限にしつつ、無料または買い切りのツールだけで実現しています。

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システム構成

[Mac]                    [iPhone]
  Obsidian                 Obsidian
  Copilot Plugin           Möbius Sync
  Syncthing                Tailscale
      |                        |
      +--------+---------------+
               |
         Tailscale tailnet（VPN 経由）
               |
          [Raspberry Pi 4]
           Syncthing（同期ハブ）
           ai-linker.py（1時間ごと自動リンク付与）
           backup.sh（毎日 02:00 バックアップ）
           /mnt/<ssd>/obsidian/vault/（Vault 実体）
           /media/<user>/<hdd>/obsidian/backup/（バックアップ先）

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使用ツール・技術スタック

カテゴリ	ツール
ノートアプリ	Obsidian（Mac / iOS）
ファイル同期	Syncthing
iOS 同期クライアント	Möbius Sync（有料買い切り）
VPN	Tailscale
AI チャット	Copilot for Obsidian + Gemini 3.5 Flash（OpenRouter）
AI 自動リンク	Python スクリプト + Google AI Studio API（Gemini 3.5 Flash）
ストレージ	Raspberry Pi 4 にマウントした外付け SSD（938GB）

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Vault フォルダ構成

vault/
├── 00_Inbox/        とりあえず置く（iPhone の放り込み先）
├── 01_Daily/        日次ノート（YYYY-MM-DD.md）
├── 02_Literature/   技術記事の読書メモ
├── 03_Tech/         技術ナレッジ本体
├── 04_Ideas/        アイデア
├── 99_Archive/      使わなくなったもの
├── _Templates/      テンプレート
└── _Attachments/    画像など

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構築手順

Phase 1：ラズパイ側 Syncthing の構築

# Syncthing 公式リポジトリを追加
sudo mkdir -p /etc/apt/keyrings
sudo curl -L -o /etc/apt/keyrings/syncthing-archive-keyring.gpg \
  https://syncthing.net/release-key.gpg

echo "deb [signed-by=/etc/apt/keyrings/syncthing-archive-keyring.gpg] \
  https://apt.syncthing.net/ syncthing stable" \
  | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/syncthing.list

sudo apt update && sudo apt install -y syncthing

# Vault ディレクトリ作成
sudo mkdir -p /mnt/<ssd>/obsidian/{vault,scripts}
sudo chown -R <user>:<user> /mnt/<ssd>/obsidian

# systemd で自動起動
sudo systemctl enable syncthing@<user>.service
sudo systemctl start syncthing@<user>.service

Tailscale 経由でのみアクセスするため、Web UI の bind を Tailscale IP に変更します。

sudo systemctl stop syncthing@<user>.service

# GUI bind を Tailscale IP に変更
sed -i 's|<address>xx.x.x.x:8384</address>|<address><Tailscale IP>:8384</address>|' \
  ~/.local/state/syncthing/config.xml

# MagicDNS 経由アクセスのため Host チェックを無効化
sed -i 's|</gui>|    <insecureSkipHostcheck>true</insecureSkipHostcheck>\n    </gui>|' \
  ~/.local/state/syncthing/config.xml

sudo systemctl start syncthing@<user>.service

Phase 2：Mac 側 Syncthing の導入と相互接続

# Vault ディレクトリ作成
mkdir -p ~/Obsidian/vault

# Syncthing for macOS インストール
brew install --cask syncthing
open /Applications/Syncthing.app

Mac の Web UI（http://xx.x.x.x:8384）でラズパイの Device ID を登録し、ラズパイ側で Mac を承認して双方向同期を確立します。

Syncthing の Ignore Patterns に以下を設定して不要ファイルの同期を防ぎます：

.DS_Store
._*
.obsidian/workspace.json
.obsidian/workspace-mobile.json
.obsidian/cache/
.obsidian/plugins/copilot/data.json

Phase 3：Obsidian の初期設定

brew install --cask obsidian

~/Obsidian/vault を Vault として開き、以下のコアプラグインを有効化します：

• Templates
• Daily notes
• Quick switcher
• Graph view
• Backlinks
• File recovery
• Tag pane

Phase 4：iPhone 同期

Möbius Sync（有料買い切り）を使い、External Folder 機能で Obsidian のサンドボックス内に直接同期することで、Obsidian iOS が Vault として認識できます。

Möbius Sync → Add Folder → Pick External Folder
→ Files app → On My iPhone → Obsidian → obsidian-vault を選択
→ Folder ID をラズパイ側の Folder ID と一致させる

Phase 5：Copilot プラグイン（AI チャット）

Obsidian の Community Plugins から「Copilot for Obsidian」をインストールし、Gemini 3.5 Flash（OpenRouter 経由）を設定します。

推奨設定：

Temperature : 0.3
Token limit : 8000
Vision      : ON
Reasoning   : OFF

Phase 6：AI による自動リンク付与

ラズパイ上で Python スクリプトを 1 時間ごとに cron 実行し、更新されたノートに関連ノートへのリンクを自動挿入します。

# 主要な処理フロー
# 1. vault/ を走査して更新ノートを検出
# 2. Google Gemini API に「関連ノートを N 件選んで」とプロンプト
# 3. ノート末尾に関連セクションを自動挿入

SECTION_START = "<!-- AI-LINKS-START（自動生成 / 手動編集不可） -->"
SECTION_END   = "<!-- AI-LINKS-END -->"

挿入例：

<!-- AI-LINKS-START（自動生成 / 手動編集不可） -->
## 関連ノート
- [[Kubernetes NodeAffinity]]
- [[2026-05-20]]
<!-- AI-LINKS-END -->

# パッケージインストール
pip3 install google-genai python-dotenv --break-system-packages

# cron 登録
crontab -e
# 0 * * * * /usr/bin/python3 /mnt/<ssd>/obsidian/scripts/ai-linker.py

Phase 7：バックアップ

# backup.sh（毎日 02:00 実行、7世代保持）
VAULT_DIR="/mnt/<ssd>/obsidian/vault"
BACKUP_DIR="/media/<user>/<hdd>/obsidian/backup"
DATE=$(date +%Y-%m-%d)

tar -czf "${BACKUP_DIR}/${DATE}.tar.gz" \
  -C "$(dirname ${VAULT_DIR})" "$(basename ${VAULT_DIR})"

find "${BACKUP_DIR}" -name "*.tar.gz" -mtime +7 -delete

crontab -e
# 0 2 * * * /bin/bash /mnt/<ssd>/obsidian/scripts/backup.sh

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日常の使い方

やりたいこと	操作
とりあえずメモ	Cmd+N → 00_Inbox に書く
今日の記録	Cmd+P → Open today's daily note
技術ナレッジ	03_Tech にノート作成 → テンプレート挿入
AI に要約させる	Copilot チャットで「このノートを要約して」
関連リンク確認	1時間後にノート末尾の関連ノートセクションを確認

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工夫した点・ハマった点

Syncthing のフォルダパスが意図せず変わった

Mac からの共有通知をラズパイが受信した際、デフォルトパス（~/obsidian/vault）で新規フォルダが作られてしまいました。config.xml を直接編集して正しいパス（/mnt/<ssd>/obsidian/vault）に修正し、.stfolder マーカーファイルを再作成することで解決しました。

iOS での Obsidian 同期

Obsidian iOS は最新版で「既存フォルダを開く」機能がなく、Möbius Sync のサンドボックスと Obsidian のサンドボックスを繋ぐには有料の External Folder 機能が必要でした。

google.generativeai の非推奨化

スクリプト作成時に google.generativeai パッケージが非推奨になっており、google.genai パッケージへの移行が必要でした。

# 旧（非推奨）
import google.generativeai as genai
genai.configure(api_key=api_key)
model = genai.GenerativeModel("gemini-3.5-flash")

# 新
from google import genai
client = genai.Client(api_key=api_key)
client.models.generate_content(model="gemini-3.5-flash", contents=prompt)

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今後の予定

• プライベートな内容を扱うようになったら、ローカル AI（Ollama + Qwen2.5 14B on MBP M5 Pro）に切替
• runbook の整備

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まとめ

Syncthing による自己ホスト同期と Gemini API による自動リンク付与を組み合わせることで、クラウド依存を最小限にした PKM 環境を構築できました。ノートを書いて 1 時間後には関連ノートが自動でリンクされるため、知識がネットワーク状につながっていくのを実感できます。

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参考

• Obsidian
• Syncthing
• Möbius Sync
• Tailscale
• Google AI Studio