Rのインストールと管理を多機能なrigで。パッケージのインストールをP3Mで高速に、pakで簡単に

rig

R の多機能なインストールマネージャーです。簡単に R のインストールやアップデート、複数のバージョンのインストールと切り替えが行えます。機能の詳細や、各 OS ごとのインストールについては、次の rig のサイトで確認してください。

• rig のインストール時に、次の P3M のリポジトリの追加と、pak のインストールが同時に行われるので、R を新規インストールするときは、rig を使うことをおすすめします
  
  
• rig は、既存の R を管理しません。rig を利用したいときは、R をアンインストールしてから、rig でインストールし直すのが良いと思います
  
  
• rig をインストールした場合は、次の P3M のリポジトリの追加と pak のインストールは必要ありません（二度目になりますが念の為）

P3M（Posit Public Package Manager）

P3M では、CRAN、PyPI、Bioconductor からのパッケージの検索とインストールが行えます。特に、Posit によりビルドされた CRAN のバイナリパッケージを使うことで、インストールを高速化することができます。

• リポジトリの追加方法は、ユーザーガイドを御覧ください
  
  
• Linux で、バイナリービルドパッケージを使用してインストールを高速化したいときは、Set up your environment to install R packages from cranの「Linux Distribution: what linux distribution are you using?」でディストリビューションを選択してください
  
  
• リポジトリ設定のコード例
  • これは、debian12 の場合です
  • P3M の URL は上で取得したURLに変更してください
  • R のコンソールで実行する
  P3M のリポジトリの設定

  local({
    repos <- c(P3M = "https://packagemanager.posit.co/cran/__linux__/bookworm/latest")
    options(repos = c(repos, getOption("repos")))
  })
  

  • この設定は、現在開いているセッションのみ有効です
  
  
• 常にリポジトリ設定が有効になるようにするには
  • 次のコードを R のコンソールで実行すると.Rprofile に上のコードを追加することができます
  • やはり P3M の URL は、自分の環境にあった URL に変更してください
  .Rprofile に追加

  add.Rprofile <- 'local({
    repos <- c(P3M = "https://packagemanager.posit.co/cran/__linux__/bookworm/latest")
    options(repos = c(repos, getOption("repos")))
  })
  '
  cat(add.Rprofile, file = ".Rprofile", append = TRUE)
  

  • 自分の環境では正しく動作することを確認していますが、実行は自己責任でお願いします
  
  
• 現在設定されているリポジトリは、getOption("repos") で確認できます
  
  
• ここまで R での使用を前提に書いてきましたが、P3M は、Python でも使えます。Configuring Python Environments

pak

pak を使えば pak::pkg_install() だけで、install.packages() やdevtools::install_github() の代わりに、CRAN、Bioconductor、GitHub、URL、gitリポジトリ、ローカルファイルやディレクトリから R パッケージをインストールすることができます。他の機能や各 OS の対応状況は、次の pak のサイトで確認してください。

• 特に、Linux で pak を使う上で嬉しいのは、パッケージインストール時にシステム依存関係を確認して、必要なシステムパッケージを自動的にインストールしてくれるところです
  
  
• 既存の R にバイナリビルドパッケージをインストールするときは、R のコンソールで次のコードを実行してください
  • １行のコードでは見にくいので、All about installing pak.に載っている方のコードを記載しておきます
  バイナリビルドパッケージのインストール

  install.packages("pak", repos = sprintf(
    "https://r-lib.github.io/p/pak/stable/%s/%s/%s",
    .Platform$pkgType,
    R.Version()$os,
    R.Version()$arch
  ))
  

  
  
• インストール関数は、pak::pkg_install() と書いたが、実は pak::pak() というとても入力が速く簡単な関数でパッケージのインストールが行える
  例

  pak::pak("tidyverse")
  

  • これだけで debian12（chromebook）において、事前にシステム依存ファイルをインストールすることなく、tidyverse のインストールができた
  • P3M とともに使用して tidyverse のインストールが２分弱でできた
  • これに感動してこの記事を書いた