解決方法

解決策は４つあります。４つ目が本命です。

1. synchronizeをやめる

これでエラーはなくなるけど、エンティティが同期されなくなるので不便。。。

ormconfig.json

{
   "synchronize": true
}

2. カラムをnullableにする

これも根本的な解決じゃない。。。

entity/user.ts

@Column({ nullable: true })
name: string;

3. SQLiteを使わない

身も蓋もないですが、ありだと思います。

4. トランスパイルする

私の環境では、ts-nodeを使わないようにすると、エラーが解決されました。
以下の手順を行ってください。

STEP 1

tsconfig.jsonのCompilerOptionsに"skipLibCheck": trueを指定する。
これは、STEP3のtscコマンド実行時にエラーを表示させないためです。
基本的に推奨されるオプションではないので、エラーが出なかったら消してください。

tsconfig.json

{
   "compilerOptions": {
      "lib": [
         "es5",
         "es6"
      ],
      "module": "commonjs",
      "moduleResolution": "node",
      "outDir": "./build",
      "emitDecoratorMetadata": true,
      "experimentalDecorators": true,
      "sourceMap": true,
      "skipLibCheck": true
   }
}

STEP 2

ormconfig.jsonを以下のように書き換えます。
これは、トランスパイルしたJavaScriptを実行するためにパスを変更しています。

/src → /build
.ts → .js

ormconfig.json

{
   "type": "sqlite",
   "database": "database.sqlite",
   "synchronize": true,
   "logging": false,
   "entities": [
      "build/entity/**/*.js"
   ],
   "migrations": [
      "build/migration/**/*.js"
   ],
   "subscribers": [
      "build/subscriber/**/*.js"
   ],
   "cli": {
      "entitiesDir": "build/entity",
      "migrationsDir": "build/migration",
      "subscribersDir": "build/subscriber"
   }
}

STEP 3

tscでトランスパイルします。

$ tsc

すると、buildディレクトリに.jsファイルがたくさん書き出されるはずです。

実行できないときは、typescriptをグローバルにインストールしてください。

$ npm i -g typescript


#### STEP 4

`node`でトランスパイルしたJavaScriptファイルを実行します。

```sh
$ node build/index.js

これでエラーが出なければOKです。

STEP 5

毎回コマンドを打ち込むのは大変なので、package.jsonに書き加えてスクリプトにします。

package.json

{
   ...
   "scripts": {
      "start": "tsc && node build/index.js",
   }
}

最初は実行できたけど、後でエラーになった場合

自分は遭遇してませんが、前の実行で出力したJavaScriptファイルが残っていると、エラーになる場合があるようです。その場合、以下のようなコマンドで実行前にbuildディレクトリを削除してください。

$ rm -r build && tsc && node dist/index.js

参考： [typeORM] NOT NULL constraint Failedなどのsynchronize回りのエラーの解決方法

発生したエラーの詳細

$ ts-node src/index.ts
QueryFailedError: SQLITE_CONSTRAINT: NOT NULL constraint failed: temporary_user.name
    at new QueryFailedError (/Users/src/error/QueryFailedError.ts:11:9)
    at Statement.handler (/Users/src/driver/sqlite/SqliteQueryRunner.ts:79:26) {
  errno: 19,
  code: 'SQLITE_CONSTRAINT',
  query: 'INSERT INTO "temporary_user"("id") SELECT "id" FROM "user"',
  parameters: []
}