[Gemfileに追加→bundle install]
「アプリに」Gemをインストールするイメージ。
GemとそのGemの実行に必要なモノ(dependencies)をまとめてインストールできる。
後でWebアプリに使いたい場合など、こっちで入れておいたほうが無難。
[gem install Gem名]
「環境に」Gemをインストールするイメージ。
以下、読んだ感じどっちでもいいけれど、
Dependenciesまで持ってきてくれることを考えるとbundle installの方が無難っぽい。
Difference between bundle and gem install?
http://stackoverflow.com/questions/6162047/difference-between-bundle-and-gem-install