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[Gemfileに追加→bundle install]と[gem install]の違い

[Gemfileに追加→bundle install]
「アプリに」Gemをインストールするイメージ。
GemとそのGemの実行に必要なモノ(dependencies)をまとめてインストールできる。
後でWebアプリに使いたい場合など、こっちで入れておいたほうが無難。

[gem install Gem名]
「環境に」Gemをインストールするイメージ。

以下、読んだ感じどっちでもいいけれど、
Dependenciesまで持ってきてくれることを考えるとbundle installの方が無難っぽい。

Difference between bundle and gem install?
http://stackoverflow.com/questions/6162047/difference-between-bundle-and-gem-install

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