GitHub の gg-mark/NullCodable にある NullCodable.swift をコピーしておき、 encode したい構造体の Optional 型のプロパティに @NullCodableという propertyWrapper を付ければ消えない様になります。

例

import FirebaseFirestore

struct Data: Codable {
    var a: Int? = nil
    @NullCodable var b: Int? = nil
}

let data = Data()
let encodedData = Firestore.Encoder().encode(data)
print(encodedData)

["b": <null>]

NullCodable がない a は消えて、
NullCodable をつけた b は残っている。

参考
Codableでnullが消えてしまう問題に対応する _ えいむーさんは明日も頑張るよ