#わざわざ書くほどでも無いけど
備忘録代わりにおいておきます
Trinityの結果ファイルからTransdocodeで予測されたcompleteな配列だけを取り出すスクリプトです

compgene_finder.sh

#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*-

import sys
from Bio import SeqIO
import csv


fasta_in = sys.argv[1]                            #１番目の引数にfastaファイルを指定する。
for record in SeqIO.parse(fasta_in, 'fasta'): #fastaファイルを開くSeqIOを使ってパースする(1項目づつ読み込む）
        id_part = record.id                       #fastaのID部分を読み込む
        desc_part = record.description                       #fastaのID部分を読み込む
        seq = record.seq                          #fastanの配列部分を読み込む
        if 'type:complete' in desc_part:
                fasta_seq = '>' +  desc_part + '\n' + seq      #fasta形式に整えて
                print(fasta_seq)                  #標準出力にfastaを出力