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はじめてのアドベントカレンダーAdvent Calendar 2023

Day 5

COVID-19変異株の管理はGithubが支えている

Last updated at Posted at 2023-12-06

みなさん、github使ってますか?

githubといえば主な目的はソースコードの管理ですが、そのほかにも工夫次第で使い道があります。

その一つが、COVID-19変異株の管理です。

ウイルスは感染を繰り返すうちに、生存能力を高めるために新たな変異を獲得します。
こうした変異を共通言語の下に管理するために、特定の変異には都度「lineage」という名前が付けられます。
「B.1.1.7」「BA.5」「XBB.1.5」といった表記を目にしたことがある方がいらっしゃるかもしれません。これがlineageです。

このlineageの管理に、実はgithubが一役買っています。

最新のlineageの一覧をまとめるlineage_note.txtを公開する、lineageの更新があった際はRelease noteを記録するといったように、最新の状況をトラッキングできる管理がなされています。

中でも注目したいのがissuesです。

issueは最新の変異株についてディスカッションする場となっています。
世界中の研究者がgithubに集まり、絶えず新しい変異株について報告をしています。
その中でピックアップされた変異株にlineageが付与され、世界中のスタンダートとなっていくのです。

各issuesの管理にもLabelやMilestoneが利用されており、githubの機能を上手く活かした運用がなされています。

単にソースコードを扱うためだけにgithubを使うのではなく、こうしたプラットフォームとして使ってみるのも面白いかもしれません。

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