目的

Anacondaの仮想環境を立ち上げたときに自動で環境変数PYTHONPATHを設定します。
その他の環境変数の設定も同様に可能です。

背景

以下のようなディレクトリ構成で開発を行っていました。

project/
   ├ modules/
   │  ├ module1.py
   │  └ module2.py
　 ├ sub1/
   │  ├ notebook1.ipynb
   │  └ script1.py
　 └ sub2/
      ├ notebook2.ipynb
      └ script2.py

project/modules/以下には、複数のサブディレクトリで共通して使いたい自作モジュールを配置しています。
このとき、例えばproject/sub1/script1.pyからmodule1をインポートする場合、以下のようにモジュール検索パスを追加する必要がありました。

script1.py

import sys
sys.path.append("..")

from modules import module1

毎回これを書くのは面倒なので、Anacondaの仮想環境を立ち上げた際に、自動的に環境変数PYTHONPATHを設定するようにしました。

仮想環境での環境変数の設定

Condaユーザーガイド (Saving environment variables)に詳しい説明があります。

対象の仮想環境ディレクトリにetc/conda/activate.d/とetc/conda/deactivate.d/という二つのディレクトリを作成します。
activate.d/には環境起動時に実行するスクリプトを、deactivate.d/には環境終了時に実行するスクリプトを配置します。スクリプトはこちらにあります。

activate.d/set_pythonpath.sh

#!/bin/bash

_additional_path="/path/to/your/modules"

if [ -z "$PYTHONPATH" ]; then
    export PYTHONPATH="$_additional_path"
else
    export OLD_PYTHONPATH="$PYTHONPATH"
    if [[ ":$PYTHONPATH:" != *":$_additional_path:"* ]]; then
        export PYTHONPATH="$PYTHONPATH:$_additional_path"
    fi
fi

deactivate.d/unset_pythonpath.sh

#!/bin/bash

if [ -n "$OLD_PYTHONPATH" ]; then
    export PYTHONPATH="$OLD_PYTHONPATH"
    unset OLD_PYTHONPATH
else
    unset PYTHONPATH
fi

これらを配置した状態でconda activate envを実行するとPYTHONPATHが設定され、conda deactivateを実行するとPYTHONPATHは元に戻ります。

VSCodeのJupyter拡張機能を使う場合

ターミナルでPYTHONPATHを設定していても、VSCodeのJupyter拡張機能を使ってノートブックを実行した場合には反映されません。これについてはGithub Issueがありました。
$PYTHONPATH in notebook is different than in terminal #9436

Issueにあるように、VSCodeのJupyter拡張機能を使う場合にはワークスペースディレクトリに.envファイルを配置しましょう。自動的にPYTHONPATHが設定されます。

.env

PYTHONPATH=/path/to/your/modules