Biopython 1.78だと
>>>mt.Tm_NN('ACAGAAA', nn_table=mt.R_DNA_NN1)
-14.276977758735995
でしたが、Biopython 1.79だと
>>>mt.Tm_NN('ACAGAAA', nn_table=mt.R_DNA_NN1)
-12.70991442070084
になります。リリースノートには該当する記述はなさそうだったので共有します。
https://github.com/biopython/biopython/blob/master/NEWS.rst
機械学習用の特徴量計算などをしている場合は、ちょっとの違いでも出力値の再現ができなくなるのでヒヤヒヤしますね。