#exec-path-from-shell#
exec-path-from-shell (https://github.com/purcell/exec-path-from-shell) は、GUI での起動時に、指定した環境変数をシェルから引き継いでくれます。楽チンです。
詳細は以下のリンクを参照
http://qiita.com/catatsuy/items/3dda714f4c60c435bb25
http://syohex.hatenablog.com/entry/20130718/1374154709

ただし、windows はサポートしてないし、そのままでは動きません。ですが、NTEmacs と cygwin/msys2 を楽して連携したいので、それを何とかしてみます。

以下の環境で検証

Windows 7、msys2、NTEmacs 24.5.1、exec-path-from-shell melpa の最新版

#パスの形式の問題#
cygwin/msys2 のシェルで扱うパスは unix 形式であり、cygwin or msys2 の環境変数もそうなっています。一方、NTEmacs は WIN32 アプリケーションのため unix 形式のパスは読み込めません。exec-path-from-shell がうまく動かない問題はこれが原因です。よって、 unix 形式のパス → windows 形式のパスのように変換できればいいわけです。

#cygpath#
cygwin/msys2 には unix 形式のパスと windows 形式のパスを相互に変換する cygpath コマンドがあります(詳細は以下のリンク参照)。
http://takuya-1st.hatenablog.jp/entry/20110910/1315644196

このリンク先には紹介されていませんが、-p オプションを使うと、環境変数で使われるパスのリストを一気に変換してくれます。

$ cygpath -amp "/bin:/usr/bin" # unix 形式のパスリスト
D:/msys64/usr/bin;D:/msys64/usr/bin # windows 形式のパスリスト

$ cygpath -aup "D:/msys64/usr/bin;D:/msys64/usr/bin" # windows 形式のパスリスト
/usr/bin:/usr/bin # unix 形式のパスリスト

よって cygpath を NTemacs から実行すればうまくいきそうです。

#NTEmacs の設定#
以上を踏まえて、init.el あたりに以下を設定すればいいようです。
注1) bash と cygpath のフルパスは各自の環境にあわせて変更してください
注2) cygwin でもおそらく動きますが、msys2 の設定部分はコメントアウトなりしてください
注3) NTEmacs 24.3 以前を使用している場合新 advice は動作しないので旧 advice に書き直しが必要。

init.el

(setq shell-command-switch "-c")

;; シェルからの起動では exec-path-from-shell を実行しない
(let ((shell-level (getenv "SHLVL")))
  (when (or (not shell-level) (string= "0" shell-level))
    (when (eq system-type 'windows-nt)
	  ;; bash のフルパスを指定
	  (setq shell-file-name "d:/msys64/usr/bin/bash")
	  (defvar explicit-shell-file-name)
	  (setq explicit-shell-file-name shell-file-name)
	  (setenv "SHELL" shell-file-name)

	  ;; msys2 のみの設定 mingw64 とパスを共有
	  (setenv "MSYSTEM" "MINGW64")

	  ;; 環境変数 PATH のときのみパスの変換を実行
	  (defun ad-exec-path-from-shell-setenv (orig-fun &rest args)
		(when (string=  (car args) "PATH")
		  (setf (nth 1 args)
				(with-temp-buffer
				  (call-process "d:/msys64/usr/bin/cygpath" nil '(t nil) nil "-amp" (nth 1 args))
				  (unless (bobp)
					(goto-char (point-min))
					(buffer-substring-no-properties (point) (line-end-position))))))
		(apply orig-fun args))
	  (advice-add 'exec-path-from-shell-setenv :around 'ad-exec-path-from-shell-setenv))

	;; 引き継ぎたい環境変数を列挙
	(exec-path-from-shell-copy-envs '("PATH" "MANPATH" "PKG_CONFIG_PATH"))))