Encoding.ASCII.GetStringに与えるbyte配列の中にASCII範囲外の値（つまり0x00~0x7F以外）が入っていた場合、そのbyteは'?'(=0x3F)に変換されるようです。
つまり不可逆変換となります。

例

byte[] arr1 = { 0x30, 0x39, 0x41, 0x5A, 0xAA };
string str = Encoding.ASCII.GetString(byte);
byte[] arr2 = Encoding.ASCII.GetBytes(str);     // 逆変換

結果：
arr1 : { 0x30, 0x39, 0x41, 0x5A, 0xAA }
arr2 : { 0x30, 0x39, 0x41, 0x5A, 0x3F }

対策について追記(2015/08/24)
コメントで指摘いただいた、「ISO-8859-1」によるエンコーディングを行った結果、望む結果を得ることができました。

対策例

byte[] arr1 = { 0x30, 0x39, 0x41, 0x5A, 0xAA };
string str = Encoding.GetEncoding("ISO-8859-1").GetString(byte);
byte[] arr2 = Encoding.GetEncoding("ISO-8859-1").GetBytes(str);     // 逆変換

結果：
arr1 : { 0x30, 0x39, 0x41, 0x5A, 0xAA }
arr2 : { 0x30, 0x39, 0x41, 0x5A, 0xAA }

( @yuba さん、ありがとうございました )