Pod内のnginxのだけ変えてて、冷静になって考えればingress-controllerのnginxも設定しなくてはならなかった
Ingressのmetadataのannotationsにnginx.ingress.kubernetes.io/proxy-body-sizeを設定してやる

helmファイル

templates/ingress.yaml

apiVersion: extensions/v1beta1
kind: Ingress
metadata:
  name: {{ .Values.ingress.name }}
  namespace: {{ .Values.namespace }}
  labels:
    app.kubernetes.io/name: {{ .Values.app.name }}
    helm.sh/chart: {{ .Chart.Name }}-{{ .Chart.Version }}
    app.kubernetes.io/instance: {{ .Release.Name }}
    app.kubernetes.io/managed-by: {{ .Release.Service }}
{{- with .Values.ingress.annotations }}
  annotations:
{{ toYaml . | indent 4 }}
{{- end }}
spec:
# 略

values.yaml

ingress:
  name: my-app
  annotations: {
    nginx.ingress.kubernetes.io/proxy-body-size: 20m
　　　　　　　　# 略
  }
# 略