こうなった時の対処方法。
結論としてはどこかしらのバージョン違いがあると発生するので、足並みを揃えてあげましょうってことになります。
今回はElixirの最新のdev版を入れたため発生。

Unchecked dependencies for environment dev:
* cowboy (Hex package)
  the dependency is not available, run "mix deps.get"
* phoenix_html (Hex package)
  the dependency is not available, run "mix deps.get"
* phoenix (Hex package)
  the dependency is not available, run "mix deps.get"
* phoenix_live_reload (Hex package)
  the dependency is not available, run "mix deps.get"
* postgrex (Hex package)
  the dependency is not available, run "mix deps.get"
* phoenix_ecto (Hex package)
  the dependency is not available, run "mix deps.get"
** (Mix) Can't continue due to errors on dependencies

言うとおりにmix deps.get を叩いてみる

$ mix deps.get
Running dependency resolution
** (UndefinedFunctionError) undefined function: Access.Map.get_and_update!/3 (module Access.Map is not available)

モジュールがないらしい。
mixの公式を見てみた。
https://hex.pm/docs/usage

Mix will automatically prompt you whenever there is a need to use Hex. In case you want to manually install or update hex, simply run $ mix local.hex.

こんなことが書いてあったのでmixからHexのアップデートをしてみる

$ mix local.hex
Found existing archive(s): hex.ez.
Are you sure you want to replace them? [Yn] y
* creating /home/user/.mix/archives/hex-0.9.0.ez

これでHexのバージョンが上がったので、もう一回実行してみる

$ mix deps.get
Running dependency resolution
Dependency resolution completed successfully

これで mix ecto.create が通るようになった。
そもそも何かしらのバージョン上げる時は依存性を確認してからやるべきですが、備忘録として残しておきます。