##事前に
Mac OS X El Capitan以降
XcodeおよびHomebrewのインストールおよびアップデート

##AnacondaとHomebrewの不和と分立
(そもそも、2つ以上のパッケージ管理システムを共存させるには注意が必要ということなのでしょう。)
Anacondaをダウンロードおよびインストールする。
.bash_profileを確認すると

#added by Anaconda3 4.0.0 installer
export PATH="/Users/*ユーザーネーム*/anaconda/bin:$PATH"

このままだとHomebrewとAnaconda環境がバッティングするのでコメントアウトしておく。

#export PATH="/Users/*ユーザーネーム*/anaconda/bin:$PATH"

そして、~/.bashrcに以下の関数を追加する。

#!/usr/local/bin/bash
function enter_conda()
{
   source /Users/*ユーザーネーム*/anaconda/bin/activate root
}
function quit_conda()
{
   source /Users/*ユーザーネーム*/anaconda/bin/deactivate
}

以後、Anacondaで管理しているPythonはenter_conda()を実行すればルートモードで使用することができる。quit_conda()でルートモードを出る。

これで、AnacondaがHomebrewに干渉することはなくなり、HomebrewがAnacondaに干渉することもなくなる。