R(3.6)をUbuntuにインストール

背景

Ubuntuのデフォルトの公式レポジトリから利用できるRパッケージは古いので、
最新のR(3.6)が使えるように環境構築する。

パッケージ管理システムの設定

lsb_release -csでUbuntuのコードネームを確認。Ubuntu 16.04の場合はxenial、18.04の場合はbionic 。

ternimal

$ lsb_release -cs
bionic

このコードネームを使って、ダウンロード元のミラーサイトを/etc/apt/sources.listの末尾に追加します。ここではRStudioのミラーサイトを使います。

terminal：RStudioのミラーサイトを使う場合

echo -e "\n## For R package"  | sudo tee -a /etc/apt/sources.list
echo "deb https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu $(lsb_release -cs)-cran35/" | sudo tee -a /etc/apt/sources.list

上のコマンドを実行すると以下のような文字列が/etc/apt/sources.listの末尾に追加されているはずです。

/etc/apt/sources.listの末尾

## For R package
deb https://cran.rstudio.com/bin/linux/ubuntu bionic-cran35/

次にダウンロード元の公開鍵を取得して、aptに登録します。

terminal

sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
#上記コマンドがプロキシやファイアウォールの設定などでうまく動かない場合は代わりに次の１行を実行
gpg --keyserver hkp://keyserver.ubuntu.com:80 --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9

# 上記のコマンドのどちらかを実行した後、次の１行で公開鍵を登録
gpg -a --export E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9 | sudo apt-key add -

3行目もうまく行かない場合はgpgコマンドに以下のオプションを追加します。
--keyserver-option http-proxy=http://<アカウント>:<パスワード>@プロキシサーバ:ポート

Rのインストールとアップデート

最後にaptでRをインストールします。

terminal

sudo apt update
sudo apt install r-base

参考

http://qiita.com/wonder_zone/items/c0cb4033c2a599b3d662
http://askubuntu.com/questions/197564/how-do-i-add-a-line-to-my-etc-apt-sources-list
http://qiita.com/yh_cake/items/68dfc688243be09ab22b
https://refspecs.linuxbase.org/LSB_3.0.0/LSB-PDA/LSB-PDA/lsbrelease.html
https://cran.r-project.org/bin/linux/ubuntu/README.html
https://blog.rstudio.org/2013/06/10/rstudio-cran-mirror/
https://qiita.com/nmatsui/items/816051fe6445db116e9a