.gitignoreの条件に当てはまるファイルやフォルダを削除したい場合。
terminal
git rm --cached `git ls-files -i --exclude-from=.gitignore`
git commit -m ".gitignoreの条件に当てはまるリモートのファイルやフォルダを削除"
git push origin master
その他の場合。
terminal
git rm -r --cached myFolder myFile
git commit -m "指定したリモートのファイルやフォルダを削除"
git push origin master
参考
https://stackoverflow.com/questions/6313126/how-to-remove-a-directory-from-git-repository
https://stackoverflow.com/questions/13541615/how-to-remove-files-that-are-listed-in-the-gitignore-but-still-on-the-repositor
http://qiita.com/Potof_/items/c75eba9cfa72819506de