MyISAM、InnoDB混在で統計情報破壊

条件：

MySQLでMyISAM、InnoDB混在構成
MyISAMテーブルはカラム数が多いためInnoDBが使用できない
MyISAMテーブルは15分おきにデータ更新が走る
InnoDBテーブルは数か月おきに更新されるマスターテーブル
　

事象：

マスター更新作業で、InnoDBテーブルを更新すると
MyISAMテーブルの統計情報が異常となり
処理遅延が発生する。

MyISAMテーブルのインデックスを再構築すると回復する。
　

質問内容：

このような事象を経験した方がいるか
　

質問の理由：

マスター更新作業が処理遅延の原因ではないという疑いを解消するため