Automakeは、ディレクトリの深いところにソースがあっても動作する。
例えば
Project ディレクトリの下に、
Project/src/main/c/hello.c
Project/src/main/c/Makefile.am
があるとき、
Project/Makefile.am
に
Project/Makefile.am
SUBDIRS = src/main/c
とさえ記述しておけばよい。
あとはAutotoolsのお作法通りの操作でmake installまでできる。
src/Makefile.am
src/main/Makefile.am
は冗長なので作る必要がない。
これでMavenデフォルトライクなディレクトリ構成でAutomakeが使える。やったね!
参考: https://www.gnu.org/software/automake/manual/automake.html