結論を先に書く。
$ brew list -1 | while read line; do brew unlink $line; brew link $line; done
とあることがきっかけでMacのOSのみの再インストールを行ったところ、homebrewでインストールしたコマンドが全滅していた。
/usr/local/bin配下をみたところシンボリックリンクが全滅してしまったようだ。
上記のコマンドで復活させたが、大量にシンボリックリンク出来過ぎてこんなにあったかなぁという思いに駆られている…
時間が無いので今回はこれでOKにするが、ちゃんと取捨選択したほうがよいかもしれない。
一度全滅してしまっているのでまたシンボリックリンクを全部はずしてから考えることも出来るカナ。