どうにもこうにも上手くpull出来ていなかったのがようやく解決した（？）と思われるのでまとめていく。
ブランチの関係と問題点
自分は、複数のコードを同時に触ることが多々あるため、下の図のような関係でブランチを切っている。
※リモートのA…B…C…には、コード名やパラメータ名を入れている。
developmentで書き換えたコードを、リモートでは異なるブランチにpushし、それをmasterにmergeするというやり方をしている（nclは特に）
異なる端末で作業をした際、上手くpull出来ないことが多々あって困っていた…
特に、普段作業している研究室の端末の場合は、ほとんどgit pullで解決していたのだが、使用のmac book airでは上手くpull出来ない。
対処法
上の図で、リモートのdevelop-Cをローカルのdevelopmentに反映させる場合
terminal
$ git checkout development
$ git merge remotes/origin/develop-C
とすれば上手くいった。が、mergeしてしまっているため、logを見返すことが必要になってくると、あまりよろしくないのかも。
というのと、複数のブランチで競合してる場合も…あまり深く考えずにやっているが、本当はもう少し考えてブランチを切って作業をする必要があるかも。