Capistrano + unicorn を用いた自動デプロイで好きな環境変数を
デプロイ先のサーバーにも、githubにも記載なしで送り込む方法です。
basic認証のアカウント名とパスワード設定など、環境変数を使う際にご活用ください。

config/deploy.rb

set :default_env, {
  （デプロイ先での環境変数名）: ENV["デプロイ元の端末の環境変数名"],
 例：
 BASIC_AUTH_PASSWORD: ENV["BASIC_AUTH_PASSWORD"]
}

上記の記載をすることで、bundle exec cap production deployをすると
デプロイ端末の環境変数の値がデプロイ先の環境変数の値になります。