本家でも把握されてるのでいつか対策されると思いますので、暫定的な対策としてCSSだけ解決する方法です

.modal-dialog-centered {
  display:flex;
  flex-direction:row;
  justify-content:center;
  align-items:center;
  height: calc(100% - (.5rem * 2));
}

@media (min-width:576px) {
  .modal-dialog-centered {
    height: calc(100% - (1.75rem * 2));
  }
}

IE11のflexboxの縦方向が中央によらないバグに対応すれば直りました。
min-heightの指定はそのまま残してても大丈夫です。

参考サイト）