本家でも把握されてるのでいつか対策されると思いますので、暫定的な対策としてCSSだけ解決する方法です
.modal-dialog-centered {
display:flex;
flex-direction:row;
justify-content:center;
align-items:center;
height: calc(100% - (.5rem * 2));
}
@media (min-width:576px) {
.modal-dialog-centered {
height: calc(100% - (1.75rem * 2));
}
}
IE11のflexboxの縦方向が中央によらないバグに対応すれば直りました。
min-height
の指定はそのまま残してても大丈夫です。
参考サイト)