Gradle Tasks という拡張機能を使用して、Kotlinプロジェクトを gradle run (application → run）で実行した。アプリにアクセスすると、ターミナルに出力されるアプリのログの日本語が文字化けていた。

KotlinのソースコードはUTF-8である。

結論的には、
OSの環境変数 JAVA_OPTS に -Dfile.encoding=UTF-8 を設定し、VS Codeを再起動したら解消した。

もしくは、環境変数を使わずに、
C:\Users\<OSユーザー名>\.vscode\extensions\richardwillis.vscode-gradle-3.5.2\lib
の下にある、gradle-server.bat の以下の個所を直接編集した。

@rem Add default JVM options here. You can also use JAVA_OPTS and GRADLE_SERVER_OPTS to pass JVM options to this script.
set DEFAULT_JVM_OPTS=

という個所に

set DEFAULT_JVM_OPTS="-Dfile.encoding=UTF-8"

という引数を付け足し、VS Codeを再起動して試したら解消した。