既に沢山の記事はあるけどやり方がばらけていたのでまとめました。

PHPSTORMで接続先のサーバーを設定

1.ファイル→設定、ではなく、トップメニューのツールをクリックする
2.デプロイ→構成を選ぶ。この時はまだサーバーは一つも用意されていない
3.左ペインの＋ボタンをクリック、接続方法は職場に合わせる。ここではSFTPを選ぶ
4.サーバー命名を要求されるので適当な名前を付ける
5.SSH構成を聞かれるのでここでは…ボタンをクリックしてホスト名、ユーザー名、パスワードを入れて接続テストをクリックし、問題なければ適用をクリックして、OKボタンをクリックしてデプロイ画面に戻る
6.デプロイ画面の左ペインに先ほど設定したサーバー名があるのでこれを「右クリック」で「デフォルトとして使用」を選択。
これをやらないと同期や、ローカルで変更したファイルの開発サーバへの自動アップロードが行われないので注意。
7.ファイル→設定→デプロイを選ぶ。そうすると既に設定したサーバが選ばれているのでマッピングを選び、ローカルパスを自分の作業したいローカルフォルダに設定した後、デプロイパスを選び、開発サーバのルートパスを選ぶ、ここでは**/home/fu3nori/laravel_thread_bbs**とした。
8.ファイル→設定→デプロイ→オプションを選び、変更されたファイルのデフォルトサーバへの自動アップロードを常時に設定し、適用ボタンを押す
9.メイン画面の左ペインにあるプロジェクトフォルダをクリックし、ツール→デプロイ→ダウンロードを選択

これで職場の開発サーバのコードがローカル開発環境にダウンロードされます。