原因
Mac上では濁点や半濁点を含む日本語(例として「ガ」)は、元の文字+濁点/半濁点(「カ」+「゛」)のように分割して扱われています。(UnicodeのNFD)
そのため、WindowsやLinux等の1文字に結合して扱われている(UnicodeのNFC)環境からコミットしたファイルで問題が出る場合があります。
解決法
gitの設定として下記を指定します。
core.precomposeunicode=true
こちらの設定をすることにより、分割されている文字を結合するようになります。
なお、Macのgit 1.8.5以降はデフォルト設定が上記となっているようなので、事象が発生するとすればそれより古いバージョンを使っている or 明示的に変更している状態だと思われます。