インボイス経過措置が10月1日に変わった｜仕入先の課税区分管理を整える3つのステップ

本記事は、株式会社DnD（https://dnd-inc.jp）のコラムを一部編集して掲載しています。
初出: https://dnd-inc.jp/blog/invoice-keika-sochi-2026-supplier-check.html

インボイス制度が始まった2023年10月から3年。当時「とりあえず対応した」という会社は多いのではないでしょうか。しかし2026年10月1日、令和8年度税制改正により経過措置が変わりました。免税事業者（インボイス登録をしていない事業者）からの仕入れに対する仕入税額控除割合が、これまでの80%から70%に引き下げられています。この変更は「会計ソフトの設定を直す」だけでは終わりません。どの仕入先が免税事業者なのかを把握できていない会社、仕入先の課税区分をExcelや紙で管理している会社にとっては、経理処理のミスが起きやすくなる転換点でもあります。今回は、変更の事実を整理したうえで、自社で今日から確認できることと、仕組みで管理するための進め方を解説します。

この記事の要点

• 令和8年度税制改正で、インボイス未登録事業者からの仕入税額控除割合が2026年10月1日から80%→70%に変更。2028年・2030年・2031年とさらに段階的に縮小する。
• 影響を受けるのは、免税事業者（一人親方・フリーランス・小規模事業者など）と取引がある課税事業者。仕入先の課税区分を把握できていない会社は今すぐ確認が必要。
• 手動管理の限界は、変更のたびに繰り返す。受発注システムへの課税区分の組み込みと、請求書のAI-OCR処理で自動化することが、長期的な負担を減らす最短の道。

2026年10月1日に何が変わったか

インボイス制度（適格請求書等保存方式）では、仕入税額控除を受けるためには原則として適格請求書（インボイス）の保存が必要です。インボイスを発行できるのは税務署に登録した課税事業者に限られるため、免税事業者（登録番号を持たない事業者）からの仕入れは控除の対象外が原則です。
ただし制度開始時（2023年10月）から、免税事業者との取引の経過措置として仕入税額の一定割合を控除できる経過措置が設けられていました。当初のスケジュールでは2026年10月から控除割合が50%になる予定でしたが、令和8年度税制改正（2026年1月27日閣議決定）により段階的縮小スケジュールが変更され、2026年10月1日以降の仕入分から70%に変更されました。

段階的縮小スケジュール（改正後）

また、同一の免税事業者からの仕入れ合計額の経過措置適用上限が、10億円から1億円に縮小されています。大口の免税事業者との取引がある場合は、この上限も確認が必要です。

貴社に関係があるのは誰か

この変更の影響を受けるのは、次のいずれかに当てはまる中小企業です。

• 一人親方・フリーランスへの外注がある会社：建設業の一人親方、デザイン・映像・IT系のフリーランス、清掃・警備・軽貨物運送など。免税事業者として登録していないケースも多い。
• 小規模な農家・漁業者・林業者から仕入れがある会社：飲食業・食品製造業・青果卸など、地元の小規模生産者と取引がある業種。
• 小規模な個人商店・専門店との仕入取引がある会社：年間1,000万円以下の売上の仕入先は免税事業者の可能性がある。
  自社が課税事業者であっても、簡易課税制度を選択している場合は仕入額に関係なく消費税を計算するため、この経過措置の影響を直接は受けません。確認に自信がない場合は顧問税理士に相談することをおすすめします。

3つの教訓：この変更が示すこと

教訓1：「一度対応したから終わり」ではない

インボイス制度への対応として2023〜2024年に会計ソフトの設定変更や請求書フォーマットの更新をした会社は多いはずです。しかし今回の改正で、80%前提で設定した税区分・自動仕訳・控除計算の設定を70%に更新する必要が生じました。2028年、2030年、2031年にも同じ作業が繰り返されます。手動対応を続ける場合、3年ごとに設定変更と確認の工数が発生することを前提にする必要があります。

教訓2：「どの仕入先が免税事業者か」を把握できていないと対処できない

今回の経過措置の適用には、仕入先ごとに「適格請求書発行事業者かどうか」を区別して管理する必要があります。この情報をExcelや紙で管理している会社では、仕入先が増えるたびに確認の手間が増え、漏れが起きやすくなります。仕入先マスタに課税区分情報がなければ、経理担当は毎回請求書を目視で確認することになります。

教訓3：段階的縮小が続く以上、「仕組み」で管理する方が長期コストが低い

2031年に経過措置が終わるまで、控除割合は複数回変わります。仕入先が免税事業者のままである限り、控除できる税額は段階的に減っていきます。税負担の変化を把握するためにも、仕入先の課税区分・取引金額・控除見込み額を一元管理できる仕組みがあると、経営判断（取引継続・条件見直しなど）の根拠が作れます。

自社で今日から確認できること

まず現状を把握するために、以下の6点を確認してください。担当者が答えられない項目ほど、対応の優先度が高い箇所です。
**1・2が把握できていない場合は、まず仕入先一覧の整理から始めることをおすすめします。**国税庁の「適格請求書発行事業者公表サイト」で取引先の登録番号を検索確認することもできます。

開発・導入でどう解決するか

Excel・手動での管理には限界があります。経過措置が変わるたびに設定の更新と確認が繰り返される構造を変えるには、受発注・仕入管理の仕組みに課税区分の情報を持たせることが根本的な解決策です。

ステップ1：仕入先マスタに課税区分を持たせる

既存の仕入先管理リスト（ExcelやCSV）に「適格請求書発行事業者番号」と「課税区分（課税/免税）」の列を追加し、確認済みの情報を入力します。これだけで、次回以降の変更対応が「免税事業者の行を抽出して影響範囲を確認する」作業に変わります。
さらに仕入先管理を業務システムに組み込む場合は、仕入先ごとに課税区分・経過措置控除率・適格番号の有効期限を保持するデータベース設計が重要です。控除率は期間によって自動的に切り替わる仕組みにしておくと、2028年・2030年の改正時にも設定変更の工数がかかりません。

ステップ2：受発注・発注書に課税区分を連動させる

発注書の作成時に、仕入先マスタの課税区分を参照して「この仕入先は免税事業者のため経過措置適用」と自動で判定できる仕組みにすると、発注担当者が課税区分を調べる手間がなくなります。発注金額から控除見込み税額を自動計算し、会計システムに連携することで二重入力も防げます。

ステップ3：請求書のAI-OCRで課税区分を自動判定する

仕入先から届く請求書に適格番号が記載されているかどうかを目視で確認する作業は、仕入先が多い会社ほど負担になります。AI-OCRを使えば、請求書の画像・PDFから適格番号を自動読み取りし、仕入先マスタと照合して課税区分を自動で付与することができます。
読み取り結果を仕入先マスタに反映し、差異があった場合にアラートを出す設計にすると、仕入先が課税事業者に登録した（または登録抹消した）場合も自動で把握できます。

小さく始める進め方

いきなり大きなシステムを構築する必要はありません。まず**①既存の仕入先一覧に課税区分を追記する（今日から）→ ②AI-OCRで請求書の適格番号を読み取る試験導入（1〜2ヶ月）→ ③受発注システムとの連携（3〜6ヶ月）**という段階で進めると、リスクを抑えながら効果を確認しながら進められます。
自社の仕入先管理や受発注システムについて、相談してみませんか。
ご相談・お見積りは無料です。「現状を整理したい」という段階からお受けしています。

よくある質問

免税事業者との取引をやめるべきですか？

一概にそうとは言えません。取引をやめる代わりに取引条件を見直す（値引き交渉、受発注ルールの変更）選択肢もあります。まず自社にとって免税事業者との取引総額がどの程度かを把握し、税負担の増加分を定量的に確認したうえで判断することが大切です。いきなり取引停止や不当な値下げ要求は独占禁止法・下請法上の問題になる場合もあるため、顧問税理士や弁護士にも相談することをおすすめします。

今使っている会計ソフトで対応できますか？

freee・マネーフォワード・弥生会計などの主要クラウド会計ソフトは、2026年10月1日以降の仕入分について経過措置の控除率を70%に対応させたアップデートを提供・予定しています（各社のサポートページで確認できます）。ただし、独自開発のシステムや旧バージョンの会計ソフトを使っている場合は、税区分の設定を手動で見直す必要があります。

今後もまた変わりますか？

はい。令和8年度税制改正（2026年1月閣議決定）で確定した段階的縮小スケジュールでは、2028年10月から50%、2030年10月から30%と続き、2031年10月1日以降は控除不可（0%）となる予定です。都度の手動対応を続ける場合、経理担当の工数がかかり、設定ミスのリスクも継続します。今のうちに仕入先の課税区分を自動で管理できる仕組みを整えることが、長期的には負担を減らします。

仕入先管理システムはどこから作り始めればよいですか？

まず既存の仕入先一覧（Excelなど）に「適格請求書発行事業者かどうか」と「取引金額」の列を追加し、現状を可視化することから始めるのが最もコストの低いスタートです。それを元に「いつまでに何を自動化するか」の優先順位が決まります。受発注システムへの課税区分の組み込みや、請求書のAI-OCR処理は、現状の整理が終わってから進める方が、仕様の手戻りが少なくなります。

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