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このメッセージはpython3.dllをリンクしようとすると発生します。
代わりにpython313.dllをリンクしてください

/usr/bin/x86_64-w64-mingw32-ld: python/py-gdb-readline.o:py-gdb-readline.c:(.text+0xf): undefined reference to __imp_PyRun_SimpleStringFlags' 
/usr/bin/x86_64-w64-mingw32-ld: python/py-gdb-readline.o:py-gdb-readline.c:(.text+0x1a): undefined reference to __imp_PyOS_ReadlineFunctionPointer' 
/usr/bin/x86_64-w64-mingw32-ld: python/python.o:python.c:(.text+0x207c): undefined reference to __imp_Py_CompileStringExFlags' 
/usr/bin/x86_64-w64-mingw32-ld: python/python.o:python.c:(.text+0x391b): undefined reference to __imp_PyRun_InteractiveLoopFlags' 
/usr/bin/x86_64-w64-mingw32-ld: python/python.o:python.c:(.text+0x3f7d): undefined reference to __imp_PyImport_ExtendInittab' 
/usr/bin/x86_64-w64-mingw32-ld: python/python.o:python.c:(.text+0x4105): undefined reference to __imp_PyConfig_InitPythonConfig' 
/usr/bin/x86_64-w64-mingw32-ld: python/python.o:python.c:(.text+0x411c): undefined reference to __imp_PyConfig_SetString' 
/usr/bin/x86_64-w64-mingw32-ld: python/python.o:python.c:(.text+0x4135): undefined reference to __imp_PyStatus_Exception' 
/usr/bin/x86_64-w64-mingw32-ld: python/python.o:python.c:(.text+0x417a): undefined reference to __imp_PyConfig_Read' 
/usr/bin/x86_64-w64-mingw32-ld: python/python.o:python.c:(.text+0x41a6): undefined reference to __imp_Py_InitializeFromConfig' 
/usr/bin/x86_64-w64-mingw32-ld: python/python.o:python.c:(.text+0x41af): undefined reference to __imp_PyConfig_Clear' 
/usr/bin/x86_64-w64-mingw32-ld: python/python.o:python.c:(.text+0x41ef): undefined reference to __imp_PyStatus_IsError' 
/usr/bin/x86_64-w64-mingw32-ld: varobj.o:varobj.c:(.text+0x19f7): undefined reference to __imp_PyRun_StringFlags' collect2:
error: ld returned 1 exit status

おまけ

/usr/bin/x86_64-w64-mingw32でpython313.dllをリンクするコードの断片(Docker Desktop)


#権限降格
RUN useradd --create-home --home /home/nonroot --shell /bin/bash nonroot
USER nonroot

#pythonフルエディオンをミラーから取得
RUN curl -L -o Python313.tar.gz "https://github.com/DaisukeDaisuke/empty/releases/download/1.0.0/Python313.tar.gz"
RUN mkdir -p /tmp/install/Python313
RUN tar xvf "Python313.tar.gz" --directory /tmp/install

# python portable runtimeをダウンロード
RUN curl -L -o python-3.13.7-embed-amd64.zip https://www.python.org/ftp/python/3.13.7/python-3.13.7-embed-amd64.zip
RUN unzip python-3.13.7-embed-amd64.zip -d /tmp/install/python-3.13.7-embed-amd64 \ 
&& rm -f python-3.13.7-embed-amd64.zip

#ディレクトリ生成
RUN cp -r /tmp/install/Python313/include/ /tmp/install/python-3.13.7-embed-amd64/include
RUN cp -r /tmp/install/Python313/libs/ /tmp/install/python-3.13.7-embed-amd64/libs

# cdする
WORKDIR /tmp/install/python-3.13.7-embed-amd64

#  libpython313.a & python313.defを生成
RUN gendef python313.dll
# インポートライブラリを期待される名前で生成
RUN x86_64-w64-mingw32-dlltool --def python313.def --dllname python313.dll --output-lib libpython313.a
# libpython313.aを生成してライブラリを lib ディレクトリへ
RUN mkdir -p /tmp/install/python-3.13.7-embed-amd64/lib && mv libpython313.a /tmp/install/python-3.13.7-embed-amd64/lib/libpython313.a

#cd /
WORKDIR /

# 2) configure が呼ぶ「python 実行」をエミュレートする shim を作成
# 必要に応じて本物のpythonにリダイレクトする(未実装)
RUN cat > /tmp/install/python_shim <<'EOF' && chmod +x /tmp/install/python_shim
#!/bin/sh
# shim: $1 == path/to/python-config.py, $2 == option
case "$2" in
  --includes)
    # ヘッダが include と include/python3.13 にある可能性をカバー
    echo "-I/tmp/install/python-3.13.7-embed-amd64/include -I/tmp/install/python-3.13.7-embed-amd64/"
    exit 0
    ;;
  --ldflags)
    # ライブラリ・パスと、configure が期待する -l 名に合わせる
    echo "-L/tmp/install/python-3.13.7-embed-amd64/lib -lpython313"
    exit 0
    ;;
  --exec-prefix)
    echo "/tmp/install/python-3.13.7-embed-amd64"
    exit 0
    ;;
  --cflags)
    echo "-I/tmp/install/python-3.13.7-embed-amd64/include -I/tmp/install/python-3.13.7-embed-amd64/"
    exit 0
    ;;
  --help|--version)
    echo "python-shim (fake)"; exit 0
    ;;
  *)
    exit 1
    ;;
esac

EOF

# 改行コードをCRLEからLEに変換
RUN sed -i 's/\r$//' /tmp/install/python_shim

#なんかいい感じにする
#ENV PKG_CONFIG_PATH=""
#ENV CPPFLAGS="-I/tmp/install/gmp/include -I/tmp/install/mpfr/include -I/tmp/install/mpc/include"
#ENV LDFLAGS="-L/tmp/install/gmp/lib -L/tmp/install/mpfr/lib -L/tmp/install/mpc/lib -static-libgcc -static-libstdc++. -Wl,--gc-sections -Wl,--allow-multiple-definition"


# configureに偽pythonと生成したlibを渡す
# --with-python=/tmp/install/python_shim \
# --with-python-libdir=/tmp/install/python-3.13.7-embed-amd64/lib \