Entity Framework Core で add されたマイグレーションは以下のコマンドでデータベースに手動適用できます。

[パッケージマネージャーコンソール]

Update-Database -Context FooContext

[CLI コマンド]

dotnet ef database update --context FooContext

ASP.NET Core でアプリケーション起動時にマイグレーションを自動適用させるためには、Program.Main メソッドに次のように記述します。

public static void Main(string[] args)
{
    var host = CreateWebHostBuilder(args).Build(); // ASP.NET Core 2.1～ の場合

    using (var scope = host.Services.CreateScope())
    {
        var services = scope.ServiceProvider;
        try
        {
            var context = services.GetRequiredService<FooContext>();

            // 自動マイグレーション適用
            context.Database.Migrate();

            // 初期データ生成
            // ※Data フォルダ内にカスタムクラスを作成してデータ生成コードを記述しておく。
            DbInitializer.Initialize(context);
        }
        catch (Exception ex)
        {
            var logger = services.GetRequiredService<ILogger<Program>>();
            logger.LogError(ex, "データベース初期構成中にエラーが発生しました。");
        }
    }

    host.Run();
}

※Startup.Configure に記述すると Add-Migration で実行されてしまいます。（ASP.NET Core 2.0 で確認）