Rでxlsxファイルを読み込むためのパッケージの1つである、
xlsxパッケージをインストールしようとしたら以下のようなエラーが出た。
checking whether JNI programs run... configure: error: Unable to run a simple JNI program. Make sure you have configured R with Java support (see R documentation) and check config.log for failure reason.
system(cmd) で警告がありました: 命令の実行中にエラーが起きました
ERROR: configuration failed for package ‘rJava’
警告メッセージ:
1: install.packages("xlsx") で:
パッケージ ‘rJava’ のインストールは、ゼロでない終了値をもちました
対処法はココを参考にした。
環境
- CentOS Linux 7.9
- R 3.6.0
解決方法
JAVAで使用している変数を設定する。
R CMD javareconf -e
The following Java variables have been exported:
JAVA_HOME JAVA JAVAC JAVAH JAR JAVA_LIBS JAVA_CPPFLAGS JAVA_LD_LIBRARY_PATH
ここで設定されているJAVA_LIBSに問題があるようなので、以下のコマンドを打って修正。
export JAVA_LIBS="$JAVA_LIBS -ldl"
JAVA変数を更新。許可がないと言われたらsudoつけて実行。
R CMD javareconf
Updating Java configuration in /usr/lib64/R
Done.
Rを起動してrJavaをインストール。 (rJavaからインストールしたが、直接xlsxをインストールしても大丈夫なはず。)
install.packages("rJava")
xlsxをインストール
install.packages("xlsx")