info nl (GNU coreutils)

‘-n FORMAT’
‘--number-format=FORMAT’
     Select the line numbering format (default is ‘rn’):

     ‘ln’
          left justified, no leading zeros;
     ‘rn’
          right justified, no leading zeros;
     ‘rz’
          right justified, leading zeros.

man nl (BSD)

     -n format    Specify the line numbering output format.  Recognized format
                  arguments are:
                  ln      Left justified.
                  rn      Right justified, leading zeros suppressed.
                  rz      Right justified, leading zeros kept.

                  The default format is rn.

つまり、-nの後に

ln：左詰め
rn：右詰め（デフォルト）
rz：右詰めゼロ埋め

のいずれかを指定すればいいことがわかりますね。-nを指定しないときは-n rnが指定されたのと同じ動きになります。また、coreutilsのnlではロングオプション形式もサポートしており-n lnを--number-format=lnと指定することもできます。わざわざ長いオプションを書くのは面倒ですが、何のオプションなのか明確になるので可読性は向上します。
そしてマニュアルを読む限りにおいて、これら2つの実装は-nの機能差はありません。しかしbusyboxのnlは残念ながら-nのオプションそのものをサポートしていません。

POSIX

せっかくなので、フォーマットに関しては標準ドキュメントであるPOSIX（IEEE Std 1003.1-2017）も眺めてみましょう。

STDOUT
The standard output shall be a text file in the following format:

"%s%s%s", <line number>, <separator>, <input line>

where <line number> is one of the following numeric formats:

%6d
When the rn format is used (the default; see -n).
%06d
When the rz format is used.
%-6d
When the ln format is used.
<empty>
When line numbers are suppressed for a portion of the page; the is also suppressed.
In the preceding list, the number 6 is the default width; the -w option can change this value.

出典：https://pubs.opengroup.org/onlinepubs/9699919799/utilities/nl.html

C言語のフォーマット指定子によって、出力は<line number> <separator> <input line>の3つの文字列の組み合わせ%s%s%sであると記載されています。そして、<line number>は%6d %06d %-6dといずれも10進の符号付き整数であり、デフォルトでは6桁となっているようです。

nオプションを試す

前置きが少々長くなってしまいましたが、それでは最初の記事で使用したテキストファイル「utl-kita」で実際に試してみましょう。

左詰め

$ nl -n ln utl-kita
1     	東京
2     	上野
3     	尾久
4     	赤羽
5     	浦和
6     	さいたま新都心
7     	大宮

右詰め（デフォルト）

$ nl -n rn utl-kita
     1	東京
     2	上野
     3	尾久
     4	赤羽
     5	浦和
     6	さいたま新都心
     7	大宮
$ nl utl-kita
     1	東京
     2	上野
     3	尾久
     4	赤羽
     5	浦和
     6	さいたま新都心
     7	大宮

ゼロ埋め

$ nl -n rz utl-kita
000001	東京
000002	上野
000003	尾久
000004	赤羽
000005	浦和
000006	さいたま新都心
000007	大宮

しっかり6桁であることも確認できました。

余談

なぜフォーマットにlz「左詰めゼロ埋め」が存在しないのでしょうか、一瞬考えてしまいました。
100を6桁で左詰めゼロ埋めすると100000になりますね。ぜひ銀行口座の残高などで積極的に使ってほしい書式です。