jQuery.Cookieなどのラッピングされたものを使用する場合には、なんの考慮もいらないはずです。
裸のJavaScriptでハンドリングする場合に忘れがちなのがトリムです。

サンプル

function getCookie (key) {
  var cookies = document.cookie;
  var cookiesArray = cookies.split(';');
  for (var tuple of cookiesArray){
    var strArray = tuple.split('=');
    var str = strArray[0];
    if (str.trim() == key) {  // トリムしてあげましょう
      str = strArray[1];
      return str.trim();
    }
  }
  return '';
}

CやPerlなんかで書く場合には、まあ忘れることはないんですけどね。私の場合、JavaScriptの場合が特に油断しますね。
トリムのオーバーヘッドなんてわずかでしょうからね、私の場合は、要らないんじゃない？と思える場合でもとりあえずトリムしますよ。