環境構築ってどの言語使うにしてもハマるんだよなー
ってことでatomでpythonを実行した際にpython3で実行されるように設定する。
※atom-runnerで実行

atom-runner.coffeeを開き、
defaultScopeMapのpythonをpython3にする。

ふぅ～
大分時間つかってしまった。
あ、初投稿！

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補足：atom-runner.coffeeの開き方

ヘルプ→ウェルカムガイド

「install a Package」をクリック→「Open Installer」をクリック

左側にメニューがでてくるので、「Open Config Folder（設定フォルダを開く）」をクリック

階層が表示されるので、「atom-runner.coffee」を選択！