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GalaxyDay 3

Galaxy Training! について

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(https://galaxyproject.github.io/training-material/)


Welcome to Galaxy Advent Calendar #3!

Galaxy Advent Calendar 3日目です!

今回は Galaxy Training! について、ちょっとした関係者として、Galaxy を使ったことがない人の立場になるべくたって色々お伝えしたいと思います!


Galaxy Training! って何?

Galaxy Training! とは、世界中の Galaxy を使っているヒトやウサギやラクダさん達有志で作成した、Galaxy の操作方法やこれを用いた解析ワークフローといった様々なチュートリアルが掲載されている、それはそれは素晴らしいサイトです。

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(冒頭にもありますが)リンク → https://galaxyproject.github.io/training-material/

このサイトを見れば、Galaxy の使い方がほとんど分かります。


Galaxy Training! を用いた学習のやり方

まずは、上の画像に表示されているホーム画面にて、知りたい項目をクリックします(ここではIntroduction to Galaxy Analyses を選択)。

すると、次のような画面が表示されるので、赤枠で囲った「Galaxy instances」を見て、使用している Galaxy とチュートリアルで使用する Galaxy が一致しているかを確認してください。

使うGalaxy が一致していない場合、チュートリアル中に出てくるツールが無かったりして最悪やり直しになるので、ここだけはしっかりやっておいて下さい。

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確認が済んだら青枠で囲んだ「Hands-on」をクリックしてチュートリアルに進みましょう。

(現在、このハンズオンでは Google 翻訳による日本語のチュートリアルがありますが、用語の訳がおかしいところが多々あるため、英語が分かる人は原文のページで行うのが良いかもしれません。)

チュートリアルに進んだら、次のように Galaxy とページを並べて指示に従って解析をしてみて下さい。

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Galaxy Training! の問題点

個人的に思っているこのサイトの課題はこれです。


  • 割と高い確率でチュートリアル通りに作業しても上手くいかない。

これに関しては、ツールの設定部分が書いていないことによるものだったり、Galaxy instance のアップデートによる仕様の変更によるものだったり、チュートリアル通りに作業した気になっているだけだったり、チュートリアルを書いた人がちゃんと書いた気になっているだけだったりと様々な原因がありますが、如何せんこのチュートリアルは有志で作成されているため、仕方がないかもしれません。

ただ、そうは言ってもこれから Galaxy を学ぶ方は、ちゃんと最後までチュートリアルを完了したいですよね・・・・


そんな時は・・・?

幸いなことに日本では Galaxy ユーザーによる meetup が毎月開催されています。

この meetup に参加しましょう!

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http://wiki.pitagora-galaxy.org/wiki/index.php/Events

Galaxy を学びたい方は誰でも参加できるので、ぜひ気軽に参加していただいて、チュートリアルで詰まったところや、分からないところを質問して下さい。最後までチュートリアルができるようお手伝いさせていただきます。

日によってはセミナーも行っているので、皆さんの参加をお待ちしております。

次回は、私が行っていたこれまでの Galaxy セミナーについてや日本語版チュートリアルについて記事にしようと思います。