Unityで同一のPrefabやSceneファイルを、異なるブランチで編集してマージすると、確実にコンフリクトします。
ですがUnityYAMLMergeというUnity公式のマージツールを使用すると、多くの場合自動でコンフリクト解消することができます。

ツール設定方法

UnityYAMLMergeはUnity本体と同時にインストールされます。
Macの場合は以下のパスにツールが存在します。

/Applications/Unity/Unity.app/Contents/Tools/UnityYAMLMerge

Unity　Hub経由の場合はパスは下記になります。（バージョン番号は適宜変更してください）

/Applications/Unity/Hub/Editor/2018.4.16f1/Unity.app/Contents/Tools/UnityYAMLMerge

パスがわかったら ~/.gitconfig末尾にツール設定を追加します。
YAMLMergeへのパスは適宜変更してください。

~/.gitconfig

#...既存の設定
[merge]
	tool = unityyamlmerge
[mergetool "unityyamlmerge"]
	trustExitCode = false
	cmd = '/Applications/Unity/Unity.app/Contents/Tools/UnityYAMLMerge' merge -p "$BASE" "$REMOTE" "$LOCAL" "$MERGED"

これでツールの設定は完了です。

コンフリクト解消手順

まず下記のようにマージした結果コンフリクトが起きたとします。

$ git merge feature/prefab_conflict_branch
Auto-merging XXXXX.prefab
CONFLICT (content): XXXXX.prefab

この状態でgit mergetoolを実行すると、YAMLMergeがコンフリクト解消を試みてくれます。

$ git mergetool
Merging:
XXXXX.prefab

Normal merge conflict for 'XXXXX.prefab':
  (local): modified file
  (remote): modified file
Conflicts:
Conflict handling:

上記のような形でメッセージが出れば、解消成功なのでそのままマージを進めればOKです。

$ git merge --continue

ツールでも解消できない場合

ツールも万能ではなく、例えば同じTransformコンポーネントを編集した場合、この部分は手動で解消する必要があります。

git mergetool実行後に手動解消が必要な場合、さらに設定されたmergetoolが起動します。
Macの場合は標準のopendiffが立ち上がるので、それで解消していくわけですが、
これの相性が悪くp4merge等の別のmergetoolを設定しておく必要があります。

p4mergeの設定方法はインストール後、下記のようにUnityYAMLMerge設定ファイルに記載します

/Applications/Unity/Unity.app/Contents/Tools/mergespecfile.txt

#
# Default fallbacks for unknown files. First tool found is used.
#

* use "Applications/p4merge.app/Contents/MacOS/p4merge" %b %l %r %d

これで手動解消での対応も可能になりました。