PyMOLのオブジェクトパネルのAボタンの中にはpresetと言うメニューがあります。これを使うと、様々な表示形式に一発で変換できます。

classified
simple
simple (no solvent)
ball and stick
b factor putty
technical
ligands
ligand sites
- cartoon
- solid surface
- solid (better)
- transparent surface
- transparent (better)
- dot surface
- mesh surface
pretty
pretty (with solvent)
publication
publication (with solvent)
protein interface
default

以上のプリセットが用意されています（ver. 2.3.0 時点）。

このプリセットが選択された時、内部処理的には一度デフォルト形式であるclassifiedを設定してから選択されたプリセットの描画設定を上書きしていく形で適用しています。ただしpymolrcに書かれたいくつかの設定値（transparency, surface_quality, surface_type, sphere_scale, stick_radius, stick_color, cartoon_highlight_color, cartoon_fancy_helices, cartoon_smooth_loops, cartoon_flat_sheets, cartoon_side_chain_helperなど）はauto_show_classifiedとしてPyMOL起動時に記憶され、classifiedは描画形式以外この値を利用します。

プリセットの定義は、modules/pymol/preset.py の中に書かれてあります。 https://github.com/schrodinger/pymol-open-source/blob/master/modules/pymol/preset.py も参考にすると良いでしょう。

ここではギャラリー風に紹介していきます。

classified

現在PyMOLのデフォルト設定に最も近い描画形式です。タンパク質構造はCartoon表示、リガンドはSphere表示です。デフォルト設定との細かな違いとして、水分子がwire-nonbonded表示されないなどが挙げられますが、デフォルトの描画設定に戻したいときはこの設定を呼び出すと良いでしょう。

ただし、色設定は変化しないため、手動で戻す必要があります。

コマンドで行いたい場合は、以下のobjectname部分をオブジェクト名に変えて実行します（例: 1ALK）。以下同様。

preset.classified("objectname",_self=cmd)

simple

タンパク質構造は主鎖だけをシンプルに表示するribbon表示、リガンドはStick表示になります。また、チェインごとに自動で色分けがなされます。

preset.simple("objectname",_self=cmd)

simple (no solvent)

上記simple表示について、溶媒の表示がなくなったものです。

preset.simple_no_solv("objectname",_self=cmd)

ball and stick

各原子を小さめのボールで表し、結合を白色のスティックで表示します。色分けは変化しません。

preset.ball_and_stick("objectname",_self=cmd)

b factor putty

温度因子であるB factorをもとに色付けし、さらに温度因子が大きいほど太くチューブ状に表示します。温度因子は青色ほど低く、赤色ほど高くなっています。この表示では主鎖構造のみが表示されます。

preset.b_factor_putty("objectname",_self=cmd)

technical

各チェインのN末端からC末端にかけて青色→赤色となるようなRainbowカラーリングが適用されます。また、水素結合が自動的に検出され、<objectname>_pol_contsというオブジェクトが生成されます。水素結合を表示させたくない場合はオブジェクトパネル上でこの<objectname>_pol_contsの表示をOFFにすればOKです。