AlphaFold Databaseで使われている予測構造の自信度ことpLDDT値に応じたカラーリングスキームをPyMOLやUCSF Chimera, Chimera Xなどで再現したいということはよくあると思いますので、それを載せておきます。

お手本

こちらのカラーリングスキームを再現します。

PyMOL

color 0x0053D6, b < 100
color 0x65CBF3, b < 90
color 0xFFDB13, b < 70
color 0xFF7D45, b < 50
# 原子ごとの色分け
util.cnc

オブジェクトごとにしたい場合はcolor 0x0053D6, AF-A0A452S449-F1-model_v3 and b < 100のように、オブジェクト名をb < の前に挟んでおきましょう。

color 0x0053D6, (object_name) and b < 100
color 0x65CBF3, (object_name) and b < 90
color 0xFFDB13, (object_name) and b < 70
color 0xFF7D45, (object_name) and b < 50

（参考）spectrum b, red_yellow_green_cyan_blue, minimum=50, maximum=90を使う方法もあり、これは値に応じてグラデーションになるので値の大小関係が明確になりますが、あまり差はないかもしれません。

UCSF Chimera

上部メニューのFavoritesからCommand Lineを選択することで画面下部にコマンド入力欄が現れるので、そこに以下のコマンドを入力します。

color #0053D6 @/bfactor<100
color #65CBF3 @/bfactor<90
color #FFDB13 @/bfactor<70
color #FF7D45 @/bfactor<50

UCSF ChimeraX

文法がChimeraから変わっている。

color @@bfactor<100 #0053D6
color @@bfactor<90 #65CBF3
color @@bfactor<70 #FFDB13
color @@bfactor<50 #FF7D45