メモレベルで。

どうやって？

プロジェクト構成はsimple。

config.php

<?php
// app/config/config.php

return new \Phalcon\Config(array(
    'application' => array(
        // ...
    ),
));

database.php

<?php
// app/config/database.php

return new \Phalcon\Config(array(
    'database' => array(
        // ...
    ),
));

index.php

<?php
// public/index.php

$config = include __DIR__ . '/../app/config/config.php';
$config->merge(include __DIR__ . '/../app/config/database.php');

// ローダとかDIとか

と、ここまで書いて思ったけど、別に$configにマージしなくてもいいですね。

index.php

<?php
// public/index.php

$config    = include __DIR__ . '/../app/config/config.php';
$db_config = include __DIR__ . '/../app/config/database.php';

// ローダとかDIとか

とかにしておいて、DbAdapterに与えるホスト名とかユーザ名とかを$db_configから取得してやればいいだけですよね。。。

追記

色んなライブラリのソースコードを読んでると、/app/config以下のファイルはこういう名前だ、みたいな決め打ちを結構見かけるので、DBの設定をこんな感じで分離するとうまく動かないかも。
なので、

config.php

<?php
return new \Phalcon\Config(array(
    'application' => array(
        // ...
    ),
    'database' => include dirname(__FILE__) . '/database.php',
));

としておいて、

database.php

<?php
// app/config/database.php

return array(
        // ...
);

merge()しても別によさげ。まあ敢えて\Phalcon\Configにしてやる必要はないかなー、って感じで。