アセットをリファレンスして作業する前提でサポート用のツールを作る際、
ネームスペースを取得して色々行ったのだけども、そのときの紆余曲折をまとめ

namespaceInfoで問い合わせ

allNameSpace = []
ignorList = ['UI', 'shared']
allNameSpace = cmds.namespaceInfo(listOnlyNamespaces = True)
allNameSpace = list(set(allNameSpace) - set(ignorList))

シーン内のネームスペースを全部取得してくれる。

全部返してくれるので　['UI', 'shared'] といったデフォルトのネームスペースも含まれる。
unload状態のリファレンスで使用しているネームスペースも返してくれる。
そのネームスペースがリファレンスで使用しているのか否かが判らない。

referenceQuery で問い合わせ

allNameSpace = []
refNodes = cmds.ls(type = "reference")
for refNode in refNodes:
     if refNode == "sharedReferenceNode":
         continue

     allNameSpace.append(cmds.referenceQuery(refNode, namespace=True,,shortName  =True))

別のノードを渡しても取れるが、リファレンスで使用しているネームスペースを取得したいと考えるとreferenceノードのほうが都合が良かった。
リファレンスされていないノードを渡すとエラーになる。

fileで問い合わせ

allNameSpace = []
allRefFiles = cmds.file(q =True ,reference =True)

for refFile in allRefFiles:
    allNameSpace.append(cmds.file(refFile,q =True ,namespace = True))

シーン内でリファレンスで使用しているネームスペースを取得できる

リファレンスノードにロード状態を問い合わせる

cmds.referenceQuery(refNode,isLoaded=True)

これらを組み合わせてフィルタリングしてみる

ロードされているリファレンスのネームスペースを取得する

allNameSpace = []
allRefFiles = cmds.file(q =True ,reference =True)

for refFile in allRefFiles:
    refnode = cmds.file(refFile,q =True ,referenceNode = True)

    if cmds.referenceQuery(refNode,isLoaded=True):
        allNameSpace.append(cmds.file(refFile,q =True ,namespace = True))

リファレンスに使用されていないネームスペースを取得する

allNameSpace = []
ignorList = ['UI', 'shared']
allNameSpace = cmds.namespaceInfo(listOnlyNamespaces = True)
allNameSpace = list(set(allNameSpace) - set(ignorList))

allRefFiles = cmds.file(q =True ,reference =True)

referenceNameSpace = []

for refFile in allRefFiles:
    referenceNameSpace.append(cmds.file(refFile,q =True ,namespace = True))

allNameSpace = list(set(allNameSpace) - set(referenceNameSpace ))