1
0

Delete article

Deleted articles cannot be recovered.

Draft of this article would be also deleted.

Are you sure you want to delete this article?

More than 3 years have passed since last update.

MySQLのダンプをTSVに変換するスクリプトを書く

Last updated at Posted at 2020-05-26

MySQL からダンプされた SQL を他の用途に使うため、タブ区切りのテキスト(いわゆる TSV)に変換を試みます。

概要

MySQL のテーブルは mysqldump で SQL としてダンプできます。主要部分は CREATE 文と INSERT 文です。

(略)
CREATE TABLE t_price (
(略)
INSERT INTO t_price VALUES (1,'定型',25,82),(略)(10,'定型外',4000,1180);
(略)

自分で管理している MySQL からのダンプであれば、直接 TSV にダンプできます。

他で公開されているデータが SQL のダンプしかない場合、一度取り込んでダンプするか、変換するかになります。今回はスクリプトを書いて変換を試みます。

※ 後述しますが、Wiktionary のダンプの変換を想定しています。データが巨大なため、一度取り込むのは避けたいのです。

仕様

SQL から INSERT 文の VALUES だけを取り出して TSV に変換します。具体的には次のような挙動を目指します。

変換前
INSERT INTO `table` VALUES (1,2,3),(4,5,6);
INSERT INTO `table` VALUES (1,'a,b','c\'d');
変換後
1	2	3
4	5	6
1	a,b	c'd

Python

Python で変換スクリプトを書きます。

read_string

一重引用符 ' で囲まれる文字列をパースします。これが一番混み入っています。

最初の文字が ' かどうかをチェックします。エスケープシーケンスの処理は簡略化して、\", \', \\ の場合は \ を除去しますが、その他の制御文字の場合は \ を残します。

test はテスト用のフラグです。

sql2tsv.py
test = True

def read_string(src, pos):
    length = len(src)
    if pos >= length or src[pos] != "'": return None
    pos += 1
    ret = ""
    while pos < length and src[pos] != "'":
        if src[pos] == "\\":
            pos += 1
            end = pos >= length
            if end or not src[pos] in "\"'\\":
                ret += "\\"
            if end: break
        ret += src[pos]
        pos += 1
    if pos < length and src[pos] == "'": pos += 1
    return (ret, pos)

if test:
    src = r"'a,b','c\'d'"
    pos = 0
    while pos < len(src):
        s, p = read_string(src, pos)
        print("read_string", (src, pos), "->", (s, p))
        pos = p + 1
実行結果
read_string ("'a,b','c\\'d'", 0) -> ('a,b', 5)
read_string ("'a,b','c\\'d'", 6) -> ("c'd", 12)

read_value

1つのデータを読み取ります。文字列なら read_string を読んで、それ以外は ,( まで読み進めます。

sql2tsv.py(続き)
def read_value(src, pos):
    length = len(src)
    if pos >= length: return None
    sp = read_string(src, pos)
    if sp: return sp
    p = pos
    while p < length and src[p] != "," and src[p] != ")":
        p += 1
    return (src[pos:p], p)

if test:
    for src in ["1,2,3", r"1,'a,b','c\'d'"]:
        pos = 0
        while (value := read_value(src, pos)):
            s, p = value
            print("read_value", (src, pos), "->", (s, p))
            pos = p + 1
実行結果
read_value ('1,2,3', 0) -> ('1', 1)
read_value ('1,2,3', 2) -> ('2', 3)
read_value ('1,2,3', 4) -> ('3', 5)
read_value ("1,'a,b','c\\'d'", 0) -> ('1', 1)
read_value ("1,'a,b','c\\'d'", 2) -> ('a,b', 7)
read_value ("1,'a,b','c\\'d'", 8) -> ("c'd", 14)

read_values

括弧内のコンマで区切られたデータをすべて読み取ります。

sql2tsv.py(続き)
def read_values(src, pos):
    length = len(src)
    if pos >= length or src[pos] != "(": return None
    pos += 1
    ret = []
    if pos < length and src[pos] != ")":
        while (value := read_value(src, pos)):
            s, pos = value
            ret.append(s)
            if pos >= length or src[pos] != ",": break
            pos += 1
    if pos < length and src[pos] == ")": pos += 1
    return (ret, pos)

if test:
    for src in [r"(1,2,3)", r"(1,'a,b','c\'d')"]:
        print("read_values", (src, 0), "->", read_values(src, 0))
実行結果
read_values ('(1,2,3)', 0) -> (['1', '2', '3'], 7)
read_values ("(1,'a,b','c\\'d')", 0) -> (['1', 'a,b', "c'd"], 16)

read_all_values

括弧で囲まれたデータをすべて読み取ります。ループでの扱いを想定してジェネレーターにします。

sql2tsv.py(続き)
def read_all_values(src, pos):
    length = len(src)
    while (sp := read_values(src, pos)):
        s, pos = sp
        yield s
        if pos >= length or src[pos] != ",": break
        pos += 1

if test:
    src = r"(1,2,3),(1,'a,b','c\'d')"
    print("read_all_values", (src, 0), "->", list(read_all_values(src, 0)))
実行結果
read_all_values ("(1,2,3),(1,'a,b','c\\'d')", 0) -> [['1', '2', '3'], ['1', 'a,b', "c'd"]]

read_sql

SQL の各行から INSERT INTO で始まる行を見付けて read_all_values で処理します。

sql2tsv.py(続き)
def read_sql(stream):
    while (line := stream.readline()):
        if line.startswith("INSERT INTO "):
            p = line.find("VALUES (")
            if p >= 0: yield from read_all_values(line, p + 7)

if test:
    import io
    src = r"""
INSERT INTO `table` VALUES (1,2,3),(4,5,6);
INSERT INTO `table` VALUES (1,'a,b','c\'d');
""".strip()
    print("read_sql", (src,))
    print("->", list(read_sql(io.StringIO(src))))
実行結果
read_sql ("INSERT INTO `table` VALUES (1,2,3),(4,5,6);\nINSERT INTO `table` VALUES (1,'a,b','c\\'d');",)
-> [['1', '2', '3'], ['4', '5', '6'], ['1', 'a,b', "c'd"]]

コマンド化

必要な関数はすべて実装しました。テストをオフにします。

sql2tsv.py(変更)
test = False

指定したファイルを読み込んで、指定したファイルに書き出します。gzip 圧縮された SQL ファイルを展開せずに直接読み込めます。

UTF-8 のバイト列が文字の途中で切れている場合を想定して、open では errors="replace" を指定します。これにより異常な文字は � に置換されます。errors を指定しない場合はエラーになります。

【参考】 (Windows) Python3でのUnicodeEncodeErrorの原因と回避方法 - Qiita

sql2tsv.py(続き)
if __name__ == "__main__":
    import gzip, sys
    try:
        target = sys.argv[1]
        openf = None
        if target.endswith(".sql"   ): openf =      open
        if target.endswith(".sql.gz"): openf = gzip.open
        if not openf: raise Exception("not supported: " + target)
    except Exception as e:
        print(e)
        print("usage: %s sql[.gz]" % sys.argv[0])
        exit(1)
    tsv = target[:target.rfind(".sql")] + ".tsv"
    with openf(target, "rt", encoding="utf-8", errors="replace") as fr:
        with open(tsv, "w", encoding="utf-8") as fw:
            for values in read_sql(fr):
                fw.write("\t".join(values))
                fw.write("\n")

次のように使います。出力は拡張子を変えた file.tsv となります。

python sql2tsv.py file.sql

スクリプト全体は以下に置きました。

計測

どのくらいの速度で処理できるか、巨大なファイルで計測します。

Wikipedia の関連プロジェクトとして Wiktionary という多言語辞書があります。今回は Wiktionary のダンプデータを利用します。

なお、Wiktionary の本文の処理については以下の記事でも扱っています。

Wiktionary 日本語版

記事執筆時点で入手可能な2020年5月1日版より、以下のファイルを使用します。ファイルを展開すると 90 MB ほどになります。

今回のスクリプトで変換すると、79 MB ほどの TSV が出力されます。圧縮ファイルを直接読み込んでも遅延は誤差程度です。

$ time python sql2tsv.py jawiktionary-20200501-categorylinks.sql

real    0m20.330s
user    0m19.797s
sys     0m0.500s

$ time python sql2tsv.py jawiktionary-20200501-categorylinks.sql.gz

real    0m20.751s
user    0m20.344s
sys     0m0.391s

行数は 95 万行ほどです。

$ wc -l jawiktionary-20200501-categorylinks.tsv
951077 jawiktionary-20200501-categorylinks.tsv

Wiktionary 英語版

記事執筆時点で入手可能な2020年5月1日版より、以下のファイルを使用します。展開すると 3 GB ほどに膨れ上がります。

これを変換します。出力されるファイルは 2.6 GB ほどです。

$ time python sql2tsv.py enwiktionary-20200501-categorylinks.sql

real    12m49.856s
user    12m36.641s
sys     0m12.750s

$ time python sql2tsv.py enwiktionary-20200501-categorylinks.sql.gz

real    13m5.832s
user    12m53.609s
sys     0m11.531s

行数は 2,800 万行にもなります。

$ wc -l enwiktionary-20200501-categorylinks.tsv
28021874 enwiktionary-20200501-categorylinks.tsv

F#

F# に移植しました。

計測結果は次にまとめます。Python に比べてかなり高速です。

まとめ

計測結果を並べます。

ファイル 言語 時間
jawiktionary-20200501-categorylinks.sql Python 0m20.330s
jawiktionary-20200501-categorylinks.sql F# 0m03.168s
jawiktionary-20200501-categorylinks.sql.gz Python 0m20.751s
jawiktionary-20200501-categorylinks.sql.gz F# 0m03.509s
enwiktionary-20200501-categorylinks.sql Python 12m49.856s
enwiktionary-20200501-categorylinks.sql F# 1m52.396s
enwiktionary-20200501-categorylinks.sql.gz Python 13m05.832s
enwiktionary-20200501-categorylinks.sql.gz F# 2m15.380s

圧縮ファイルを直接処理すると多少遅くはなりますが、ディスクスペースが節約できるため有利です。

関連記事

今回のスクリプトは以下の記事で使用しています。

1
0
0

Register as a new user and use Qiita more conveniently

  1. You get articles that match your needs
  2. You can efficiently read back useful information
  3. You can use dark theme
What you can do with signing up
1
0

Delete article

Deleted articles cannot be recovered.

Draft of this article would be also deleted.

Are you sure you want to delete this article?