動作環境

Xeon E5-2620 v4 (8コア) x 2
32GB RAM
CentOS 6.8 (64bit)
openmpi-1.8.x86_64 とその-devel
mpich.x86_64 3.1-5.el6とその-devel
gcc version 4.4.7 (とgfortran)
NCAR Command Language Version 6.3.0
WRF v3.7.1
GNU bash, version 4.1.2(1)-release (x86_64-redhat-linux-gnu)

以下を行いたい

2つのディレクトリにある同じ名前のファイルを比較
ランダムに取り出す
ファイル(png画像)を比較したhtmlファイルを生成 (タイトル付き)
pdf化

目的は、WRF(Weather Research and Forecasting Model)で処理した結果画像の比較。

v0.1 > 文字列置換 + if [ -e

2つのディレクトリに同じ名前のファイルがあるかチェックするbash scriptを実装してみた。

参考(文字列置換) http://d.hatena.ne.jp/ozuma/20130928/1380380390

code

compare_images_170127_exec

# !/usr/bin/env bash

#
# v0.1 Jan,27,2017
#   - find files in both directories
#

if [ $# -lt 2 ]; then
	echo "Usage:"
	echo "  [cmd] [source1 dir] [source2 dir]"
	echo "  to compare files with same names in 2 dirs"
	echo 
	exit
fi

src1dir=$1
src2dir=$2

# echo $src1dir
# echo $src2dir

for src1file in $(ls $src1dir/*.png);do
	# echo $src1file
	src2file=${src1file/$src1dir/$src2dir}

	if [ -e $src2file ]; then
		echo $src2file
	fi

	#break; // for debug
done

テストデータ生成

mkdir WORK_A
mkdir WORK_B
touch WORK_A/AAA.png
touch WORK_A/BBB.png
touch WORK_A/CCC.png
touch WORK_A/DDD.png
touch WORK_B/BBB.png
touch WORK_B/DDD.png

これでBBB.pngとDDD.pngのみ共通となる。

実行例 > 引数なし (使い方の表示)

$ bash compare_images_170127_exec 
Usage:
  [cmd] [source1 dir] [source2 dir]
  to compare files with same names in 2 dirs

実行例 > 引数あり (ファイル名表示)

$ bash compare_images_170127_exec WORK_A WORK_B
WORK_B/BBB.png
WORK_B/DDD.png

もっと簡単な方法

~~あれば知りたい。~~

あった。
http://stackoverflow.com/questions/10087571/given-two-directory-trees-how-to-find-which-files-are-the-same

$ diff -srq WORK_A WORK_B
Only in WORK_A: AAA.png
Files WORK_A/BBB.png and WORK_B/BBB.png are identical
Only in WORK_A: CCC.png
Files WORK_A/DDD.png and WORK_B/DDD.png are identical

$ diff -srq WORK_A/ WORK_B/ | grep identical
Files WORK_A/BBB.png and WORK_B/BBB.png are identical
Files WORK_A/DDD.png and WORK_B/DDD.png are identical

v0.2 > diff -srq

diff -srq使用

code

compare_images_170127_exec

# !/usr/bin/env bash

# v0.2 Jan,27,2017
#   - use [diff -srq] 
# v0.1 Jan,27,2017
#   - find files in both directories
#

if [ $# -lt 2 ]; then
	echo "Usage:"
	echo "  [cmd] [source1 dir] [source2 dir]"
	echo "  to compare files with same names in 2 dirs"
	echo 
	exit
fi

src1dir=$1
src2dir=$2

res=$(diff -srq $src1dir $src2dir | grep identical | awk '{print $2}')
for afile in $res;do
	echo $afile
done

上記、20行目のprint $2により、src1dir側のファイル名を取得する。
(Note: コードの20行目、というのはQ Acceleratorを使うと、すぐに見れます）。

結果

$ bash compare_images_170127_exec WORK_A WORK_B
WORK_A/BBB.png
WORK_A/DDD.png

v0.3 > 処理する/しないを選択 > RANDOM使用

code

compare_images_170127_exec

# !/usr/bin/env bash

# v0.3 Jan,27,2017
#   - add condition using $RANDOM to process or not
# v0.2 Jan,27,2017
#   - use [diff -srq] 
# v0.1 Jan,27,2017
#   - find files in both directories
#

if [ $# -lt 2 ]; then
	echo "Usage:"
	echo "  [cmd] [source1 dir] [source2 dir]"
	echo "  to compare files with same names in 2 dirs"
	echo 
	exit
fi

src1dir=$1
src2dir=$2

THRESHOLD=16384 # should be <= [32767]
# set smaller to increase the probability
# set larger to decrease the probability

res=$(diff -srq $src1dir $src2dir | grep identical | awk '{print $2}')
for afile in $res;do
	if  [ $RANDOM -lt $THRESHOLD ]; then
		continue
	fi
	echo $afile
done

実行

$ bash compare_images_170127_exec WORK_A WORK_B
$ bash compare_images_170127_exec WORK_A WORK_B
WORK_A/DDD.png
$ bash compare_images_170127_exec WORK_A WORK_B
WORK_A/BBB.png

diffではだめ > 同一のファイルのみ検索で見つかる

同じファイル名で、作成日時が異なる(さらに言えば、内容も少し異なる)ファイルはdiff -srqでは見つからないと気づいた。

v0.5 > diff -srqやめ / html出力

code

compare_images_170127_exec

# !/usr/bin/env bash

# v0.5 Jan,27,2017
#   - remove [diff -srq] because diff only picks up "the same file"
# v0.4 Jan,27,2017
#   - add html_output()
# v0.3 Jan,27,2017
#   - add condition using $RANDOM to process or not
# v0.2 Jan,27,2017
#   - use [diff -srq] 
# v0.1 Jan,27,2017
#   - find files in both directories
#

html_output() {
	in1file=$1
	in2file=$2
	echo "$in1file<br>"
	echo -n "<table>"
	echo -n "<tr>"
	echo -n "<td>"
	echo -n "<img src=$in1file width=300></img>"
	echo -n "</td>"
	echo -n "<td>"
	echo -n "<img src=$in2file width=300></img>"
	echo -n "</td>"
	echo -n "</tr>"
	echo -n "</table>"
	echo 
}

if [ $# -lt 2 ]; then
	echo "Usage:"
	echo "  [cmd] [source1 dir] [source2 dir]"
	echo "  to compare files with same names in 2 dirs"
	echo 
	exit
fi

src1dir=$1
src2dir=$2

THRESHOLD=16384 # should be <= [32767]
# set smaller to increase the probability
# set larger to decrease the probability

for src1file in $(ls $src1dir/*.png);do
    #echo $src1file
    src2file=${src1file/$src1dir/$src2dir}

    if [ -e $src2file ]; then
    	if  [ $RANDOM -lt $THRESHOLD ]; then
    		continue
    	fi
    	#echo $src2file
		html_output $src1file $src2file
	    #break; // for debug
    fi
done

処理結果

画像サイズは適宜調整する。

2つの違いは何に起因するのか。
もやもやする。

TODO リスト

2つのディレクトリにある同じ名前のファイルを比較
ランダムに取り出す
ファイル(png画像)を比較したhtmlファイルを生成 (タイトル付き)
pdf化